MetaboBank への登録

登録の流れ

MetaboBank は、塩基配列や遺伝子発現データと関連づけられるように BioProject と BioSample と連携しています。メタデータは実験種別毎に用意されたエクセルファイル（以下に記載するMAGE-TAB の IDF と SDRF）に記載します。解析済みのデータ（同定・推定された化合物に関する情報）は所定の形式である Metabolite assignment file (MAF) に記載します。

1. 登録アカウントの取得

DDBJ アカウントを取得します。
公開鍵をアカウントに登録し MetaboBank 登録を可能にします。

2. 登録申し込み

MetaboBank 登録申し込みフォームから登録を申し込みます。申し込み内容に応じて担当者が個別に登録方法をご案内します。フォームにアクセスできない場合、申し込みファイルをダウンロードし、必要事項を記入のうえにメールで申し込んでください。

3. BioProject の登録

研究プロジェクトの内容を BioProject に登録します。プレフィックス PRJDB のアクセッション番号がプロジェクトに対して発行されます。

4. BioSample の登録

データを得るために使われた試料情報を BioSample に登録します。プレフィックス SAMD のアクセッション番号がサンプル毎に発行されます。メタボロミクス用サンプルには Omics パッケージを使用します。登録するサンプルの粒度についてはこちらの説明を参考にしてください。非生物サンプルの場合、生物名には NCBI Taxonomy metagenomes などから適切なものを選んでください。

5. メタデータの作成

実験の種類毎に用意されたエクセルファイルをダウンロードし、メタデータを記入します。エクセルは MAGE-TAB の IDF と SDRF に対応したタブから構成されています。

IDF (Investigation Description Format): 研究概要、実験デザイン、プロトコール、文献情報や登録者情報といった研究概要を記述
SDRF (Sample and Data Relationship Format): サンプル属性およびサンプル、測定機器とデータファイルの関係性を記述実験デザインが異なるデータは Study を分けて登録します。関連する Study は BioProject でまとめます。例 BioProject PRJDB100 - MTBKS1000 (LC-MS)、MTBKS1001 (GC-MS)。

6. データファイルの準備

以下のファイルを準備します。同定・推定された化合物に関する情報は所定形式の Metabolite assignment file (MAF) として登録します。MAF 登録は強く推奨しますが必須ではありません。

データファイルの破損有無の確認のため、データファイル名と md5 チェックサム値のリストを提供します。 md5sum コマンドの結果を拡張子 md5 のファイル (例 my-study.md5) としてデータファイルと一緒にアップロードします。 SDRF の Comment[Raw Data File md5]、Comment[Processed Data File md5]、Comment[Metabolite Assignment File md5] に md5 値を記入して提供することもできます。

7. ファイルのアップロード

メタデータエクセルとデータファイル (生・解析済みデータファイル・MAF) を scp/sftp でファイルサーバにアップロードします。異なる Study のデータをアップロードする場合、Study 毎にファイルを tar もしくは zip でまとめます。アップロード先はホーム直下の metabobank ディレクトリになります。　　

データファイルのアップロード方法は「データのアップロード」をご覧ください。

アクセッション番号

Study に対して以下の形式のアクセッション番号が発行されます (n は自然数)。論文で MetaboBank のメタボロミクスデータに言及するときはこの番号を引用してください。

MTBKSn (例 MTBKS1)

データ公開

関連する論文が公表されるまでデータを非公開にすることができます。三年後までの公開予定日を設定し、随時延長することができます。登録されたデータはデータ公開原則に従って公開されます。EBI MetaboLights とは現在データを交換していません。

FAQ: データ公開の依頼方法は？

Reviewer access

登録した非公開データをパスワードで保護されたサイト経由で査読者に提供したい場合は MetaboBank チームに連絡してください。

更新

登録されたデータを更新・削除する場合は MetaboBank チームに連絡してください。

MD5 チェックサム値

MD5 チェックサム値の取得方法は「MD5 チェックサム値の取得」をご覧ください。