MetaboBank への登録

登録の流れ

MetaboBank は、塩基配列や遺伝子発現データと関連づけられるように BioProject と BioSample と連携しています。メタデータは実験種別毎に用意されたエクセルファイル（以下に記載するMAGE-TAB の IDF と SDRF）に記載します。解析済みのデータ（同定・推定された化合物に関する情報）は所定の形式である Metabolite assignment file (MAF) に記載します。

1. 登録アカウントの取得

D-way 登録アカウントを作成します。マニュアル
公開鍵をアカウントに登録し MetaboBank 登録を可能にします。

2. 登録申し込み

MetaboBank 登録申し込みフォームから登録を申し込みます。申し込み内容に応じて担当者が個別に登録方法をご案内します。フォームにアクセスできない場合、申し込みファイルをダウンロードし、必要事項を記入のうえにメールで申し込んでください。

3. BioProject の登録

研究プロジェクトの内容を BioProject に登録します。プレフィックス PRJDB のアクセッション番号がプロジェクトに対して発行されます。

4. BioSample の登録

データを得るために使われた試料情報を BioSample に登録します。メタボロミクス用サンプルには Omics パッケージを使用します。非生物サンプルの場合、生物名には NCBI Taxonomy metagenomes などから適切なものを選んでください。

ブランク blank sample
食品 food metagenome
その他はこちら　FAQ: 非生物サンプルの生物名には何を選べばよいでしょうか？プレフィックス SAMD のアクセッション番号がサンプルに対して発行されます。

5. メタデータの作成

実験の種類毎に用意されたエクセルファイルをダウンロードし、メタデータを記入します。エクセルは MAGE-TAB の IDF と SDRF に対応したタブから構成されています。

IDF (Investigation Description Format): 研究概要、実験デザイン、プロトコール、文献情報や登録者情報といった研究概要を記述
SDRF (Sample and Data Relationship Format): サンプル属性およびサンプル、測定機器とデータファイルの関係性を記述実験デザインが異なるデータは Study を分けて登録します。関連する Study は BioProject でまとめます。例 BioProject PRJDB100 - MTBKS1000 (LC-MS)、MTBKS1001 (GC-MS)。

6. データファイルの準備

以下のファイルを準備します。同定・推定された化合物に関する情報は所定形式の Metabolite assignment file (MAF) として登録します。MAF 登録は強く推奨しますが必須ではありません。

データファイルの破損有無の確認のため、データファイル名と md5 チェックサム値のリストを提供します。 md5sum コマンドの結果を拡張子 md5 のファイル (例 my-study.md5) としてデータファイルと一緒にアップロードします。 SDRF の Comment[Raw Data File md5]、Comment[Processed Data File md5]、Comment[Metabolite Assignment File md5] に md5 値を記入して提供することもできます。

7. ファイルのアップロード

メタデータエクセルとデータファイル (生・解析済みデータファイル・MAF) を scp/sftp でファイルサーバにアップロードします。異なる Study のデータをアップロードする場合、Study 毎にファイルを tar もしくは zip でまとめます。アップロード先はホーム直下の metabobank ディレクトリになります。　　

データファイルのアップロード方法は「データのアップロード」をご覧ください。

アクセッション番号

Study に対して以下の形式のアクセッション番号が発行されます (n は自然数)。論文で MetaboBank のメタボロミクスデータに言及するときはこの番号を引用してください。

MTBKSn (例 MTBKS1)

データ公開

関連する論文が公表されるまでデータを非公開にすることができます。三年後までの公開予定日を設定し、随時延長することができます。登録されたデータはデータ公開原則に従って公開されます。EBI MetaboLights とは現在データを交換していません。

FAQ: データ公開の依頼方法は？

Reviewer access

登録した非公開データをパスワードで保護されたサイト経由で査読者に提供したい場合は MetaboBank チームに連絡してください。

更新

登録されたデータを更新・削除する場合は MetaboBank チームに連絡してください。

MD5 チェックサム値

MD5 チェックサム値の取得方法は「MD5 チェックサム値の取得」をご覧ください。