TXSearch
TXSearch は、DDBJ が提供する NCBI Taxonomy の検索システムです。国際塩基配列データベース(INSD) にデータを登録する際には、NCBI Taxonomy に基づいた生物名の表記を使用する必要があります。
検索(ウェブ検索フォームから)
トップページ(Tree画面):http://ddbj.nig.ac.jp/tx_search/
検索フォームへの入力方法
検索フォームのテキスト入力欄に検索したい名前や数字を入力し、「送信」をクリックまたはリターンキーを押します。
- 1文字のワイルドカード”?”と複数文字のワイルドカード”*“が使用できます。
-
論理演算子(AND, OR, NOT)は以下のように入力します。
AND スペース または AND または && OR OR または NOT NOT -
Example を利用することもできます。
- 検索ボックス下の”Example” をクリックすると、いくつか簡単な例が表示されます。
- 例の中から1つを選んでクリックすると、検索ボックスに入力されます。
- 生物名やtaxonomy_id などを、検索したいものに変更します。
-
デフォルトでは以下のフィールドを検索します。
tax_id anamorph in_part scientific_name teleomorph includes common_name authority misnomer synonym blast_name misspelling acronym equivalent_name type_material 特定のフィールドに限定して検索する場合には、フィールド名を指定します。
-
結果が1000件を超える場合は最初(scientific_name で昇順)の 1000件分のみ結果を返します。この表示件数の上限を変更することはできません。
結果を1000件以下にするためには、絞り込み検索を行ってください。
絞り込み検索
複数フィールドの組み合わせや、フィールド名を指定して絞り込み検索を行います。
- 結果が1000件を超える場合は最初(scientific_name で昇順)の 1000件分のみ結果を返します。この表示件数の上限を変更することはできませんので、絞り込み検索を行って1000件以下になるようにしてください。
- テキスト入力欄に solr の standard query parser parameters の q パラメータを入力することで、より詳細な検索ができます
- フィールドの指定方法
フィールド名:値(例 tax_id:9606) - 複数フィールドの指定方法
“フィールド名:値” を論理演算子をはさんで並べます(例 scientific_name:(Homo Sapiens) && rank:species) -
検索に使用できるフィールド名は以下の通りです
検索に使用できるフィールド名 tax_id
scientific_name
common_name
synonym
acronym
anamorph
teleomorph
authority
blast_name
equivalent_name
in_part
includes
misnomer
misspelling
type_materialフィールド名を指定すれば絞り込み検索が可能となります。
フィールド名を指定しない場合、これらのフィールド全てを検索します。lineagerank フィールド名の指定が必要です。 -
完全一致検索の場合には、フィールド名を以下のように指定します。
scientific_name_ex common_name_ex synonym_ex acronym_ex anamorph_ex teleomorph_ex authority_ex blast_name_ex equivalent_name_ex in_part_ex includes_ex misnomer_ex misspelling_ex type_material_ex
検索の入力例
入力文字列 | 検索内容 |
---|---|
human AND lineage:Mammalia | デフォルト検索フィールドに “human “を含み linage が Mammalia であるものを検索 |
human AND rank:subspecies | デフォルト検索フィールドに “human “を含み rank: が subspecies であるものを検索 |
human AND NOT(lineage:Eukaryota) | デフォルト検索フィールドに “human “を含み linage が Eukaryota でないものを検索 |
tax_id:9606 | tax_id が 9606 を検索 |
Homo Sapiens | デフォルト検索フィールド内で Homo (AND) Sapiens を検索 |
scientific_name:”Homo sapiens” | scientific_name が “Homo sapiens” を検索 |
scientific_name:(Homo sapiens) | scientific_name に “Homo”と “sapiens” を含むものを検索 |
scientific_name:Homo sapiens | scientific_name に”Homo” を含み、デフォルト検索フィールドに “sapiens” を含むものを検索 |
scientific_name_ex:”Homo sapiens” | scientific_name が “Homo sapiens” であるものを検索(完全一致) (注意)名前にスペースが含まれる場合、前後に “ (ダブルクォート) をつけることが必須です。 |
50000 | デフォルト検索フィールドに “50000” を含むものを検索 (“Crinipellis sp. GDGM 50000” のように 名前に”50000” を含むものと、tax_id が “50000” の “Sarracenia alabamensis” がヒットします。どちらか一方のみを検索したい場合には、フィールド名を指定します。) |
tax_id:(741158 OR 63221) または tax_id:(741158 || 63221) |
tax_id が 741158 または 63221 を検索 |
scientific_name:(Acetobacter c*) | scientific_name に “Acetobacter” と “C で始まる0文字以上の任意の文字列” を含むものを検索 |
scientific_name:(Acetobacter sp*) | scientific_name に “Acetobacter” と “spで始まる0文字以上の任意の文字列” を含むものを検索 |
tax_id:960? | tax_id が 960? (? は任意の1文字)を検索 |
検索結果
Search Result(Taxon Information 画面)
検索フォームから検索した場合の結果表示画面です。
- 指定した taxonomy id の taxon の scientific name, taxonomy id, rank, division code, genetic code, mitochondrial genetic code, scientific name 以外の name class の名前, lineage が表示されます。
- taxonomy id は NCBI Taxonomy Browser へリンクしています。
- genetic code id, mitochondrial genetic code id は Genetic code table へリンクしています。
- lineage 中の名前は、その taxon をトップにしたツリー画面へリンクしています。
Tree 画面
Search Result/Taxon Information 画面で lineage 中の名前をクリックすると、その taxon をトップにしたツリー画面が表示されます。
- scientific name はTaxon Information画面へのリンク。
- taxonomy id は NCBI Taxonomy Browser へのリンクになっています。
- scientific name の左にある三角形のアイコンをクリックすると、その taxon の下の階層のツリーを開閉します。
- ツリーのトップの scientific name の右にある↑をクリックすると、1階層上がったツリーを表示します。この時、表示する階層数が1つ増やされます。
URL 中の depth パラメータの値を変更すると表示する階層数が変更されます。
taxonomy_id や検索語を URL に含めた表示方法
taxonomy_id や検索語を含んだ URL を指定して、検索結果を直接表示したり Taxon Information ページ、またはツリー画面にリンクを張ることができます。
taxonomy_id をURL に含める場合
パラメータ | 詳細 | 入力例 |
---|---|---|
id (必須) | 検索対象の taxonomy_id を指定します。 |
|
view | 表示画面を指定します。 省略した場合は ツリー画面 が指定されます。 |
|
depth | 表示するツリーの階層数を指定します。 省略した場合は 2 が指定されます。 |
|
検索語をURL に含める場合
- URL の指定方法
- //ddbj.nig.ac.jp/tx_search/search?query=xxx&lang=en
(xxxの部分に検索語が入ります。)
- 入力例
-
- scientific_name:(Homo sapiens) の検索結果
//ddbj.nig.ac.jp/tx_search/search?query=scientific_name%3A%28Homo+sapiens%29&lang=en
- scientific_name:(Homo sapiens) の検索結果
-
- scientific_name が Homo sapiens に完全一致の検索結果
//ddbj.nig.ac.jp/tx_search/search?query=scientific_name_ex%3A%22Homo+sapiens%22&lang=en
- scientific_name が Homo sapiens に完全一致の検索結果