TXSearch

TXSearch は、DDBJ が提供する NCBI Taxonomy の検索システムです。国際塩基配列データベース(INSD) にデータを登録する際には、NCBI Taxonomy に基づいた生物名の表記を使用する必要があります。

検索（ウェブ検索フォームから）

トップページ（Tree画面）：http://ddbj.nig.ac.jp/tx_search/

検索フォームへの入力方法

検索フォームのテキスト入力欄に検索したい名前や数字を入力し、「送信」をクリックまたはリターンキーを押します。

1文字のワイルドカード”?”と複数文字のワイルドカード”*“が使用できます。

論理演算子(AND, OR, NOT)は以下のように入力します。

AND	スペース　または AND または &&
OR	OR または
NOT	NOT

Example を利用することもできます。
1. 検索ボックス下の”Example” をクリックすると、いくつか簡単な例が表示されます。
2. 例の中から１つを選んでクリックすると、検索ボックスに入力されます。
3. 生物名やtaxonomy_id などを、検索したいものに変更します。

デフォルトでは以下のフィールドを検索します。

tax_id	anamorph	in_part
scientific_name	teleomorph	includes
common_name	authority	misnomer
synonym	blast_name	misspelling
acronym	equivalent_name	type_material

特定のフィールドに限定して検索する場合には、フィールド名を指定します。

結果が1000件を超える場合は最初（scientific_name で昇順）の 1000件分のみ結果を返します。この表示件数の上限を変更することはできません。
結果を1000件以下にするためには、絞り込み検索を行ってください。

絞り込み検索

複数フィールドの組み合わせや、フィールド名を指定して絞り込み検索を行います。

結果が1000件を超える場合は最初（scientific_name で昇順）の 1000件分のみ結果を返します。この表示件数の上限を変更することはできませんので、絞り込み検索を行って1000件以下になるようにしてください。
テキスト入力欄に solr の standard query parser parameters の q パラメータを入力することで、より詳細な検索ができます
フィールドの指定方法
フィールド名：値（例　tax_id:9606)
複数フィールドの指定方法
“フィールド名：値” を論理演算子をはさんで並べます（例　scientific_name:(Homo Sapiens) && rank:species)

検索に使用できるフィールド名は以下の通りです

検索に使用できるフィールド名
tax_id scientific_name common_name synonym acronym anamorph teleomorph authority blast_name equivalent_name in_part includes misnomer misspelling type_material	フィールド名を指定すれば絞り込み検索が可能となります。フィールド名を指定しない場合、これらのフィールド全てを検索します。
lineagerank	フィールド名の指定が必要です。

完全一致検索の場合には、フィールド名を以下のように指定します。

scientific_name_ex

common_name_ex

synonym_ex

acronym_ex

anamorph_ex

teleomorph_ex

authority_ex

blast_name_ex

equivalent_name_ex

in_part_ex

includes_ex

misnomer_ex

misspelling_ex

type_material_ex

検索の入力例

入力文字列	検索内容
human AND lineage:Mammalia	デフォルト検索フィールドに “human “を含み linage が Mammalia であるものを検索
human AND rank:subspecies	デフォルト検索フィールドに “human “を含み rank: が subspecies であるものを検索
human AND NOT(lineage:Eukaryota)	デフォルト検索フィールドに “human “を含み linage が Eukaryota でないものを検索
tax_id:9606	tax_id が 9606 を検索
Homo Sapiens	デフォルト検索フィールド内で Homo (AND) Sapiens を検索
scientific_name:”Homo sapiens”	scientific_name が “Homo sapiens” を検索
scientific_name:(Homo sapiens)	scientific_name に “Homo”と “sapiens” を含むものを検索
scientific_name:Homo sapiens	scientific_name に”Homo” を含み、デフォルト検索フィールドに “sapiens” を含むものを検索
scientific_name_ex:”Homo sapiens”	scientific_name が “Homo sapiens” であるものを検索（完全一致）（注意）名前にスペースが含まれる場合、前後に “ （ダブルクォート）をつけることが必須です。
50000	デフォルト検索フィールドに “50000” を含むものを検索 (“Crinipellis sp. GDGM 50000” のように　名前に”50000” を含むものと、tax_id が “50000” の “Sarracenia alabamensis” がヒットします。どちらか一方のみを検索したい場合には、フィールド名を指定します。）
tax_id:(741158 OR 63221) または tax_id:(741158 \|\| 63221)	tax_id が 741158 または 63221　を検索
scientific_name:(Acetobacter c*)	scientific_name に “Acetobacter” と “C で始まる0文字以上の任意の文字列” を含むものを検索
scientific_name:(Acetobacter sp*)	scientific_name に “Acetobacter” と “spで始まる0文字以上の任意の文字列” を含むものを検索
tax_id:960?	tax_id が　960? (? は任意の１文字）を検索

検索結果

Search Result(Taxon Information 画面)

検索フォームから検索した場合の結果表示画面です。

指定した taxonomy id の taxon の scientific name, taxonomy id, rank, division code, genetic code, mitochondrial genetic code, scientific name 以外の name class の名前, lineage が表示されます。
taxonomy id は NCBI Taxonomy Browser へリンクしています。
genetic code id, mitochondrial genetic code id は Genetic code table へリンクしています。
lineage 中の名前は、その taxon をトップにしたツリー画面へリンクしています。

Tree 画面

Search Result/Taxon Information 画面で lineage 中の名前をクリックすると、その taxon をトップにしたツリー画面が表示されます。

scientific name はTaxon Information画面へのリンク。
taxonomy id は NCBI Taxonomy Browser へのリンクになっています。
scientific name の左にある三角形のアイコンをクリックすると、その taxon の下の階層のツリーを開閉します。
ツリーのトップの scientific name の右にある↑をクリックすると、1階層上がったツリーを表示します。この時、表示する階層数が1つ増やされます。
URL 中の depth パラメータの値を変更すると表示する階層数が変更されます。

taxonomy_id や検索語を URL に含めた表示方法

taxonomy_id や検索語を含んだ URL を指定して、検索結果を直接表示したり Taxon Information ページ、またはツリー画面にリンクを張ることができます。

taxonomy_id をURL に含める場合

パラメータ	詳細	入力例
id (必須）	検索対象の taxonomy_id を指定します。	taxonomy_id :9606 をツリー表示 //ddbj.nig.ac.jp/tx_search/9606?view=tree //ddbj.nig.ac.jp/tx_search/9606 taxonomy_id :63221 をTaxon Information 表示 //ddbj.nig.ac.jp/tx_search/63221?view=info
view	表示画面を指定します。省略した場合はツリー画面が指定されます。	taxonomy_id :63221 をTaxon Information 表示 //ddbj.nig.ac.jp/tx_search/63221?view=info taxonomy_id :63221 をツリー表示 //ddbj.nig.ac.jp/tx_search/63221
depth	表示するツリーの階層数を指定します。省略した場合は 2 が指定されます。	taxonomy_id :63221 を5 階層まで表示 //ddbj.nig.ac.jp/tx_search/63221?depth=5 taxonomy_id :9606 をデフォルトの2階層表示 //ddbj.nig.ac.jp/tx_search/9606

検索語をURL に含める場合

URL の指定方法: //ddbj.nig.ac.jp/tx_search/search?query=xxx&lang=en

（xxxの部分に検索語が入ります。）

入力例

scientific_name:(Homo sapiens) の検索結果
//ddbj.nig.ac.jp/tx_search/search?query=scientific_name%3A%28Homo+sapiens%29&lang=en

scientific_name が Homo sapiens に完全一致の検索結果
//ddbj.nig.ac.jp/tx_search/search?query=scientific_name_ex%3A%22Homo+sapiens%22&lang=en