getentry
getentryの機能について
- getentry は,アクセッション番号からの DDBJ フラットファイルの検索にご利用いただけます。
- getentry は webAPI として実装しており,入力フォームからだけでなく,プログラムなどから直接呼び出すことも可能です。
- データの変更履歴の検索は,webAPI プログラムの gethistory を用いて行うことができます。
- “DDBJ フラットファイルのキーワード検索” は ARSA をご利用ください。
- DRA データの検索は getentry ではおこなうことができません。DDBJ Search をご利用ください。
入力フォームによる検索
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/top-j.htmlからご利用下さい。
デフォルト指定
ID | Accession 番号 |
---|---|
データべ-ス | DNA データベース:DDBJ/EMBL/GenBank |
出力形式 | フラットファイル(DDBJ) |
取得方法 | html |
上限 | 10 |
ID
Accession 番号 を入力します。入力には、複数 Accession 番号の指定、範囲指定、バージョン番号の指定が可能です。
バージョン番号 |
|
AB669632.1 AB669632.2 |
---|---|---|
複数 Accession 番号 |
|
AB669632.1,AB669632.2,AB669633.1,AB669633.2 AK377101 - AK377200,AK377210,AK377211 |
範囲指定 |
|
FY782000-FY7830 AK377101 - AK377200,AK377211- AK388100 |
データベースと出力形式
検索対象となるデータベースをひとつ指定します。 検索結果の出力形式は,エントリに対して,各データベースで定められている形式か FASTA 形式 のいずれかを以下の選択肢からひとつ指定します。
DNAデータベース
検索対象データベース
DDBJ/EMBL/GenBank | 国際塩基配列データベース(INSD) |
---|---|
MGA | Mass sequence for Genome Annotation(MGA) |
DDBJ/EMBL/GenBank を選択すると、以下が検索対象となります。
- DDBJ 定期リリース
- DDBJ 定期リリース後の新着データ
- アルファベット4文字+8桁の数字で構成されるアクセッション番号のデータ
(WGS(Whole Genome Shotgun), TSA(Transcriptome Shotgun Assembly) の一部) - TPA(Third Party Data)
DDBJ リリース には、 TPA、 アルファベット4文字+8桁の数字で構成されるアクセッション番号を持つデータ(WGS,TSA の一部) は含まれておりません。
MGA データの新規登録は受け付けておりません。
getentry で検索可能な各データベースのリリース番号や公開日等の最新の状況については、現在公開されているリリースの情報 でご確認ください。
出力形式
フラットファイル(DDBJ) | DDBJ のデータ公開形式で出力 |
---|---|
全塩基配列 FASTA | 塩基配列の全長を FASTA 形式で出力 |
CDS アミノ酸配列 FASTA | 各 CDS 領域のアミノ酸翻訳配列を FASTA 形式で出力 |
CDS 塩基配列 FASTA | 各 CDS 領域の塩基配列を FASTA 形式で出力 |
INSD-XML_v1.4 | INSD-XML_v1.4 形式で出力 |
上記の5つ(FF, 全FASTA, CDSアミノ酸FASTA, CDS塩基FASTA, INSD-XML_v1.4) はDDBJ/EMBL/GenBank 指定時にのみ選択可能です。
検索対象データベースでMGA選択時は、FFのみ選択可能となります。
Protein データベース
検索対象データベース
UniProt | UniProt/Swiss-Prot とUniProt/TrEMBL を合わせたアミノ酸配列データベース |
---|---|
PDB | タンパク質の立体構造データベース |
DAD | DDBJ からアミノ酸翻訳配列データを抽出して作成したデータベース |
Patent | JPO,KIPO に由来するアミノ酸配列 |
getentry で検索可能な各データベースのリリース番号や公開日等の最新の状況については、現在公開されているリリースの情報 でご確認ください。
出力形式
default | 指定したデータベースの公開形式で出力 | ||
---|---|---|---|
FASTA | アミノ酸配列FASTA | アミノ酸配列をFASTA 形式 で出力 | UniProt, DAD, Patent で選択可能 |
塩基配列FASTA (for DAD) | アミノ酸配列をコードする塩基配列をFASTA 形式 で出力 | DAD のみ選択可能 | |
seqres | PDB アミノ酸 FASTA | PDB のみ選択可能 |
選択データベースにより、出力形式は異なります。
取得方法
デフォルト | html |
---|---|
html | HTMLファイル(ACCESSION, ORGANISM等 にリンクあり) |
text | テキストファイル |
gz | gz圧縮ファイル |
gz圧縮ファイルのファイル名はformatの指定値によって以下のようになります。
[DNA系]flatfile | flatfile.txt.gz |
[DNA系]xml | insd.xml.gz |
[DNA系]fasta | fasta_na.txt.gz |
[DNA系]trans | cds_aa.txt.gz |
[DNA系]cds | cds_na.txt.gz |
[Protein系]flatfile | flatfile.txt.gz |
[Protein系]fasta | fasta_aa.txt.gz |
[Protein系]cds | cds_aa.txt.gz |
上限(最大表示件数)
デフォルト | 10件 |
任意の件数を指定 | 指定した件数 |
0 を指定 | 上限なし |
WebAPI プログラムによる検索
getentry は webAPI として実装しており,入力フォームからだけでなく,プログラムなどから直接呼び出すことも可能です。
プログラム
getentry の web API は以下の2つのプログラムからなります。
getentry | アクセッション番号(データベース中のエントリの ID)を与えると,データを返します。 |
---|---|
gethistory | アクセッション番号(データベース中のエントリの ID)を与えると,データの変更履歴を返します。 特許庁由来アミノ酸配列の更新履歴は今のところとっておりません。 |
パラメータの指定方法
以下の2種類があります
通常の GET method | https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry?database=データベース名&accession_number=アクセッション番号&追加のパラメーター(任意) |
smart URL | https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/データベース名/アクセッション番号 https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/データベース名/アクセッション番号/?追加のパラメーター(任意) https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/データベース名/アクセッション番号/リビジョン ID /?追加のパラメーター(任意) |
入力例
- 通常の GET method によるアクセッション番号 AB601234 の検索
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry?database=ddbj&accession_number=AB601234 - smart URL による特許庁由来アミノ酸配列 BD500001 の検索
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/patent_aa/BD500001
getentry で指定可能なパラメータ
accession 番号(必須): 検索対象の Accession 番号を指定します。
バージョン番号 |
|
---|---|
複数 Accession 番号 |
|
範囲指定 |
|
対象の Accession 番号が存在しない,または表示できない場合,該当の Accession 番号に対する結果は何も表示されず,limit で上限が制限されているときの数にもカウントされません。
デフォルトでの表示件数が10件に設定されているため,それ以上の件数を指定する場合には “limit” で設定を変更して下さい。
件数が多い場合,表示に時間がかかる場合があります。また,ブラウザの性能により,全件表示できない場合があります。
入力例
- アクセッション番号AB055395 の検索
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry?database=na&accession_number=AB055395
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/na/AB055395 - 複数アクセッション番号の検索(複数指定&100件表示)
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry?database=na&accession_number=AK377101 - AK377200,AK377210,AK377211- AK388100&limit=100
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/na/AK377101 - AK377200,AK377210,AK377211- AK388100?limit=100 -
複数アクセッション番号の検索(範囲指定&1000件表示)
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry?database=na&accession_number=FY782000-FY783000&limit=1000
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/na/FY782000-FYFY783000?limit=1000 - バージョン 番号指定の複数検索:指定したバージョンを検索します。
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry?database=na&accession_number=AB669632.1,AB669632.2,AB669633.1,AB669633.2,AB669634.1
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/na/AB669632.1,AB669632.2,AB669633.1,AB66963.2,AB669634.1 - バージョン番号指定の範囲指定検索:バージョン番号の指定は無視され,最新バージョンを検索します。
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry?database=na&accession_number=AB669632.1-AB6696356.1
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/na/AB669632.1-AB6696356.1
database(任意): 検索対象のデータベースを指定します。
DNA系 | na | DDBJ/EMBL/GenBank | 国際塩基配列データベース(INSD), WGS, TPA, TSA |
---|---|---|---|
mga | MGA | Mass sequence for Genome Annotation(MGA) | |
Protein系 | aa | DAD, Patent, UniProt, PDB | 4つのデータベースをこの順番で検索 |
uniprot | UniProt | UniProt/Swiss-Prot とUniProt/TrEMBL を合わせたアミノ酸配列データベース | |
pdb | PDB | タンパク質の立体構造データベース | |
dad | DAD | DDBJ からアミノ酸翻訳配列データを抽出して作成したデータベース | |
patent_aa | Patent | JPO,KIPO に由来するアミノ酸配列 |
データベース指定を省略すると、naを指定したものとみなして処理します。
DDBJ/EMBL/GenBank を選択すると、以下が検索対象となります。
- DDBJ 定期リリース
- DDBJ 定期リリース後の新着データ
- アルファベット4文字+8桁の数字で構成されるアクセッション番号のデータ
(WGS(Whole Genome Shotgun), TSA(Transcriptome Shotgun Assembly) の一部) - TPA(Third Party Data)
DDBJ リリース には、 TPA、 アルファベット4文字+8桁の数字で構成されるアクセッション番号を持つデータ(WGS,TSA の一部) は含まれておりません。
MGA データの新規登録は受け付けておりません。
getentry で検索可能な各データベースのリリース番号や公開日等の最新の状況については、現在公開されているリリースの情報 でご確認ください。
入力例 (上段はGET method , 下段は smart URL )
-
TSA( IAAA01000001) の検索
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry?database=na&accession_number=IAAA01000001
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/na/IAAA01000001 - WGS( BAET01000001) の検索
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry?database=na&accession_number=BAET01000001
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/na/BAET01000001 - MGA(AAAAA0000001) の検索
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry?database=mga&accession_number=AAAAA0000001
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/mga/AAAAA0000001 - 特許庁由来アミノ酸配列の検索
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry?database=patent_aa&accession_number=DI500001
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/patent_aa/DI500001
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry?database=aa&accession_number=BD500001
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/aa/BD500001 - DAD の検索
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry?database=dad&accession_number=AB000714-1
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/dad/AB000714-1 - UniProt の検索
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry?database=aa&accession_number=P06213
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/aa/P06213
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry?database=uniprot&accession_number=P06213
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/uniprot/P06213
revision(任意): 指定された revision 時点を検索します。
通常 | yyyy-MM-dd hh:mm:ss |
---|---|
リリース時 | yyyy-MM-dd hh:mm:ss release |
バージョン番号と revision が同時に指定されているとき,revision が優先されます。
入力例 (上段はGET method , 下段は smart URL )
- AB479935 の 2011-05-31 23:07:30 時点での結果を表示
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry?database=na&accession_number=AB479935&revision=2011-05-31 23:07:30
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/na/AB479935?revision=2011-05-31 23:07:30 - 変更履歴は gethistory の機能でしらべることが可能です
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/gethistory?database=na&accession_number=AB479935
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/gethistory/na/AB479935
format(任意): 結果の出力フォーマットを指定します。
デフォルト | flatfile |
---|---|
flatfile | DDBJ フラットファイル形式 |
xml | INSDSeq-XML version 1.4 形式 |
fasta | [DNA 系] 全塩基配列 FASTA |
[Protein 系] アミノ酸配列 FASTA | |
trans | [DNA 系] CDS アミノ酸 FASTA |
cds | [DNA 系] CDS 塩基配列 FASTA |
[DAD 限定] 塩基配列 FASTA (for DAD) | |
seqres | [Protein 系] PDB アミノ酸 FASTA |
選択したデータベースでの有効な出力フォーマットの指定は以下の通りです。
DNAデータベース | |
---|---|
DDBJ / EMBL / GenBank / MGA | フラットファイル(DDBJ), 全塩基配列FASTA, CDS アミノ酸配列FASTA, CDS 塩基配列FASTA, INSD-XML_v1.4 |
Proteinデータベース | |
---|---|
UniProt | default, アミノ酸配列FASTA |
PDB | default, seqres |
DAD | default, アミノ酸配列FASTA, 塩基配列FASTA |
Patent | default, アミノ酸配列FASTA |
入力例 (上段はGET method , 下段は smart URL )
- アクセッション番号 AB628096 の検索のflatfile を表示
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry?accession_number=AB628096
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/na/AB628096
LOCUS AB628096 390 bp RNA linear VRL 24-FEB-2012
DEFINITION Human rhinovirus C gene for polyprotein, partial cds, strain:
HRV/Yamaguchi/2010/89.
ACCESSION AB628096
VERSION AB628096.1
KEYWORDS .
SOURCE Human rhinovirus C
ORGANISM Human rhinovirus C
Viruses; ssRNA positive-strand viruses, no DNA stage;
Picornavirales; Picornaviridae; Enterovirus.
REFERENCE 1 (bases 1 to 390)
AUTHORS Kobayashi,M., Arakawa,M., Okamoto,R., Tsukagoshi,H., Ryo,A.,
Mizuta,K., Hasegawa,S., Hirano,R., Wakiguchi,H., Kudo,K.,
Tanaka,R., Morita,Y., Noda,M., Kozawa,K., Ichiyama,T., Shirabe,K.
and Kimura,H.
TITLE Direct Submission
JOURNAL Submitted (06-MAY-2011) to the DDBJ/EMBL/GenBank databases.
Contact:Miho Kobayashi
Gunma Prefectural Institute of Public Health and Environmental
Sciences; Kamiokimachi 378, Maebashi, Gunma 371-0052, Japan
REFERENCE 2
AUTHORS Arakawa,M., Okamoto-Nakagawa,R., Toda,S., Tsukagoshi,H.,
Kobayashi,M., Ryo,A., Mizuta,K., Hasegawa,S., Hirano,R.,
Wakiguchi,H., Kudo,K., Tanaka,R., Morita,Y., Noda,M., Kozawa,K.,
Ichiyama,T., Shirabe,K. and Kimura,H.
TITLE Molecular epidemiological study of human rhinovirus species A, B
and C from patients with acute respiratory illnesses in Japan
JOURNAL J. Med. Microbiol. 61, 410-419 (2012)
REMARK DOI:10.1099/jmm.0.035006-0
COMMENT
FEATURES Location/Qualifiers
source 1..390
/collection_date="14-Jan-2010"
/country="Japan:Yamaguchi"
/db_xref="taxon:463676"
/host="Homo sapiens"
/isolation_source="Nasopharyngeal swab"
/mol_type="genomic RNA"
/organism="Human rhinovirus C"
/strain="HRV/Yamaguchi/2010/89"
CDS 1..>390
/codon_start=1
/product="polyprotein"
/protein_id="BAK22546.1"
/transl_table=1
/translation="MGAQVSKQNVGSHENSVSATGGSVIKYFNINYYKDSASSGLTKQ
DFSQDPSKFTQPLAEALTNPALMSPTVEACGMSDRLKQITIGNSTITTQDTLNSILAY
GEWPKYLSDLDASSVDKPTHPETSSDRF"
BASE COUNT 124 a 95 c 77 g 94 t
ORIGIN
1 atgggcgcac aggtgagcaa gcaaaatgtc ggctcgcacg aaaattcagt ctcagccacg
61 ggtggatccg tgattaagta tttcaacatc aattactaca aggattctgc tagctctggc
121 ttgactaaac aagatttttc ccaagaccca tcgaaattca cacaacctct agcagaagca
181 cttacaaatc cagctttaat gtcaccaact gttgaagcat gtgggatgtc cgataggctt
241 aaacaaatta ctatcgggaa ttccactata acaacacaag atacactaaa ctctatactg
301 gcatatgggg agtggcccaa atacttgagt gacctggacg cttcctcagt ggataagcct
361 acccacccag agacatcatc tgatagattt
//
- 特許庁由来アミノ酸配列の検索結果を アミノ酸配列FASTA 形式で表示
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry?database=patent_aa&accession_number=BD500001&format=fasta
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/patent_aa/BD500001?format=fasta
>BD500001|JP 2000316586-A/3: Recombinant microorganism expressing small rubber particle-bound protein (SRPP).
MAEEVEEERLKYLDFVRAAGVYAVDSFSTLYLYAKDISGPLKPGVDTIENVVKTVVTPVY
YIPLEAVKFVDKTVDVSVTSLDGVVPPVIKQVSAQTYSVAQDAPRIVLDVASSVFNTGVQ
EGAKALYANLEPKAEQYAVITWRALNKLPLVPQVANVVVPTAVYFSEKYNDVVRGTTEQG
YRVSSYLPLLPTEKITKVFGDEAS
- アクセッション番号 AB601234 を塩基配列 FASTA 形式で表示
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry?accession_number=AB601234&format=fasta
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/na/AB601234?format=fasta
>AB601234|AB601234.1 Ainsliaea faurieana chs gene for chalcone synthase, partial cds, haplotype: 2.
ggaccttgctaaaaacaataagggctcacatgtccttgttgtctgctctgagatcattgc
ttccatttttcgtagaccagataagaaccacattgtcagccaagctctctttggggatgg
agcttctgcgctcattgtgggttcagacccagacttctccaaggaacatccattattcaa
gattgtgtctacaactcagacaatcttacagaacactgaaagggcgatgaacttacaatt
gagggaagaagggttgaccattcacctgcacagggatgtaccccagatgacatcaaagaa
tatagaggaggcattagtgcacatatttttgccactgggcataagagactggaactcg
- アクセッション番号 AB601234 を塩基配列 xml 形式で表示
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry?database=na&accession_number=AB601234&format=xml
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/na/AB601234/?format=xml
<?xml version="1.0"?>
<!DOCTYPE INSDSet SYSTEM "INSD_INSDSeq.dtd">
-<INSDSet>
-<INSDSeq> <INSDSeq_locus>AB601234</INSDSeq_locus>
<INSDSeq_length>358</INSDSeq_length>
<INSDSeq_moltype>DNA</INSDSeq_moltype>
<INSDSeq_topology>linear</INSDSeq_topology>
<INSDSeq_division>PLN</INSDSeq_division>
<INSDSeq_update-date>18-MAY-2011</INSDSeq_update-date>
<INSDSeq_definition>Ainsliaea faurieana chs gene for chalcone ......
<INSDSeq_primary-accession>AB601234</INSDSeq_primary-accession>
<INSDSeq_accession-version>AB601234.1</INSDSeq_accession-version>
<INSDSeq_source>Ainsliaea faurieana</INSDSeq_source>
<INSDSeq_organism>Ainsliaea faurieana</INSDSeq_organism>
<INSDSeq_taxonomy>Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; .......
-<INSDSeq_references>
-<INSDReference>
<INSDReference_reference>1</INSDReference_reference>
<INSDReference_position>1..358</INSDReference_position>
-<INSDReference_authors> <INSDAuthor>Mitsui,Y.</INSDAuthor>
<INSDAuthor>Setoguchi,H.</INSDAuthor> </INSDReference_authors>
<INSDReference_title>Direct Submission</INSDReference_title>
<INSDReference_journal>Submitted (17-NOV-2010) to the DDBJ/.....
-<INSDReference>
------- 以下略 -----
- アクセッション番号 HE963104 をCDS塩基配列FASTA形式で表示
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry?database=na&accession_number= HE963104&format=cds
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/na/HE963104/?format=cds
>HE963104-1|CCJ27876.1|111|<1..111|Streptococcus thermophilus|predicted.....
gggttgtcctgtgatgagggaatgctggcagtaggaggacttggtgctgtaggtggcccg
tggggagctgtcggtggggtgttagtaggtgcagccttatactgtttctaa
>HE963104-2|CCJ27877.1|201|130..330|Streptococcus thermophilus|hypothetical.....
atgaataataaacaacttgaaagatttaaaaaactggatacaaatgcattgtctaatgta
agtggtcaaggctatggtgctcaatgtgttattggtactgccggaatgacgattgtcggt
gcagctttctttggcatcgcaggtgcaggagctggatttgcaggcggtagcacagcattt
tgttatggtacagctgaataa
>HE963104-3|CCJ27878.1|219|686..>904|Streptococcus thermophilus|.....
atggcaactcaaacaattgaaaactttaacacccttaacctcgaaacacttgctagtgtt
gaaggaggtggatgtggttggagaggcgcaggtggagcgactgttcaaggagctatcggg
ggagcgtttggaggtaatgtagttttaccagttgtaggctcagttcctggttatctagct
ggtggtgttctaggtggtgcaggtggtactgttgcctat
- アクセッション番号 JQ677812 をCDSアミノ酸FASTA 形式で表示
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry?database=na&accession_number=JQ677812&format=trans
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/na/JQ677812/?format=trans
>JQ677812-1|AFN26948.1|74|Triticum aestivum (bread wheat) HKT1;5
HLAGYSLMLVYLSVVSGARAVLTGKRISLHTFSVFTVVSTFANCGFVPNNEAMIAFRSFP
GLLLLVMPHVLLGI
- DAD (AB000714-1) 塩基配列 FASTA形式で表示
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry?database=dad&accession_number=AB000714-1&format=cds
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/dad/AB000714-1/?format=cds
>AB000714-1|BAA22986.1|663|199..861|Homo sapiens|RVP1
atgtccatgggcctggagatcacgggcaccgcgctggccgtgctgggctggctgggcacc
atcgtgtgctgcgcgttgcccatgtggcgcgtgtcggccttcatcggcagcaacatcatc
acgtcgcagaacatctgggagggcctgtggatgaactgcgtggtgcagagcaccggccag
atgcagtgcaaggtgtacgactcgctgctggcactgccacaggaccttcaggcggcccgc
gccctcatcgtggtggccatcctgctggccgccttcgggctgctagtggcgctggtgggc
gcccagtgcaccaactgcgtgcaggacgacacggccaaggccaagatcaccatcgtggca
ggcgtgctgttccttctcgccgccctgctcaccctcgtgccggtgtcctggtcggccaac
accattatccgggacttctacaaccccgtggtgcccgaggcgcagaagcgcgagatgggc
gcgggcctgtacgtgggctgggcggccgcggcgctgcagctgctggggggcgcgctgctc
tgctgctcgtgtcccccacgcgagaagaagtacacggccaccaaggtcgtctactccgcg
ccgcgctccaccggcccgggagccagcctgggcacaggctacgaccgcaaggactacgtc
taa
- PDBの検索結果を PDBアミノ酸FASTA 形式 で表示
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry?database=pdb&accession_number=0-Z&format=seqres&limit=5
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/pdb/0-Z/?format=seqres&limit=5
>100d_A mol:na length:10 DNA/RNA (5'-R(*CP*)-D(*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*G
CCGGCGCCGG
>100d_B mol:na length:10 DNA/RNA (5'-R(*CP*)-D(*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*G
CCGGCGCCGG
>101d_A mol:na length:12 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*(CBR)P*GP*
CGCGAATTCGCG
>101d_B mol:na length:12 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*(CBR)P*GP*
CGCGAATTCGCG
>101m_A mol:protein length:154 MYOGLOBIN
<center>----(以下略)----</center>
filetype(任意): 出力のファイルタイプを指定します。
デフォルト | text |
---|---|
html | HTMLファイル(ACCESSION, ORGANISM等 にリンクあり) |
text | テキストファイル |
gz | gz圧縮ファイル |
gz圧縮ファイルのファイル名はformatの指定値によって以下のようになります。
[DNA系]flatfile | flatfile.txt.gz |
[DNA系]xml | insd.xml.gz |
[DNA系]fasta | fasta_na.txt.gz |
[DNA系]trans | cds_aa.txt.gz |
[DNA系]cds | cds_na.txt.gz |
[Protein系]flatfile | flatfile.txt.gz |
[Protein系]fasta | fasta_aa.txt.gz |
[Protein系]cds | cds_aa.txt.gz |
入力例 (上段はGET method , 下段は smart URL )
- AK377185-AK378194(1000エントリ)を gzファイルでダウンロード
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry?database=na&accession_number=AK377185-AK378194&filetype=gz&limit=1000
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/na/AK377185-AK378194?filetype=gz&limit=1000
次ような画面が表示されます。
- アクセッション番号 FW383979を html 表示
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry?database=na&accession_number=FW383979&filetype=html
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/na/AB601234/?filetype=html
LOCUS FW383979 2675 bp DNA linear PAT 14-OCT-2010
DEFINITION JP 2006521812-A/1: GENETIC POLYMORPHISMS ASSOCIATED WITH RHEUMATOID
ARTHRITIS, METHODS OF DETECTION AND USES THEREOF.
ACCESSION [FW383979](https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/na/FW383979)
VERSION FW383979.1
KEYWORDS JP 2006521812-A/1.
SOURCE Homo sapiens (human)
ORGANISM Homo sapiens
Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini;
Catarrhini; Hominidae; Homo.
REFERENCE 1 (bases 1 to 2675)
AUTHORS Alexander,H.C., Bigobikku,A.B. and Kagiru,M.
TITLE GENETIC POLYMORPHISMS ASSOCIATED WITH RHEUMATOID
ARTHRITIS, METHODS
OF DETECTION AND USES THEREOF
JOURNAL Patent: JP 2006521812-A 1 28-Sep-2006;
APLERA CORPORATION
COMMENT OS Homo sapiens
PN JP 2006521812-A/1
PD 28-Sep-2006
show_suppressed(任意): suppressed データを表示します。
true | suppressed データを表示 |
---|---|
false | suppressed データを表示しない |
入力例 (上段はGET method , 下段は smart URL )
- アクセッション番号 HE602933 (suppressed)の検索
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry?database=na&accession_number=HE602933&show_suppressed=true
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/na/HE602933?show_suppressed=true
limit(任意): データの取得上限を設定します。
デフォルト | 10件 |
---|---|
任意の件数を指定 | 指定した件数 |
0を指定 | 無制限 |
件数が多い場合,表示に時間がかかる場合があります。また,ブラウザの性能により,全件表示できない場合があります。
入力例 (上段はGET method , 下段は smart URL )
- アクセッション番号 FY736910 - FY762881( 25,972 entries)の検索
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry?database=na&accession_number=FY736910 - FY762881&limit=0
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/na/FY736910 - FY762881?limit=0
trace(任意): Secondary Accession が指定された場合に,Primary への転送を設定します。
true | primary データを表示 |
---|---|
false | primary データを表示しない |
入力例 (上段はGET method , 下段は smart URL )
- アクセッション番号 AB233943(primary)-AF530906(secondary) の検索でprimary を表示
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry?database=na&accession_number=AF530906&format=flatfile&trace=true
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/na/AF530906/?format=flatfile&trace=true
gethistory で指定可能なパラメータ
accession 番号(必須):検索対象のAccession番号を指定します。指定方法は getentry と同じです。
特許庁由来アミノ酸配列の履歴はありません
入力例 (上段はGET method , 下段は smart URL )
- アクセッション番号 AB628096 の履歴検索
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/gethistory?database=na&accession_number=AB628096
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/gethistory/na/AB628096
AB628096
1 2012-05-25 12:00:00 release 2012-05-25 12:00:00 release live
1 2012-02-24 07:02:55 2012-02-24 07:02:55 live
1 2011-11-25 11:27:22 release 2011-11-25 11:27:22 release live
1 2011-10-22 23:01:47 2011-10-22 23:01:47 live
1 2011-08-26 10:33:50 release 2011-08-26 10:33:50 release live
1 2011-05-27 12:38:45 release 2011-05-27 12:38:45 release live
1 2011-05-11 23:09:49 2011-05-11 23:09:49 live
database(任意): 検索対象のデータベースを指定します。
デフォルト | na |
---|---|
DNA 系 | na |
指定したデータベースが履歴管理に対応していない場合は,空の結果を返します。
入力例 (上段はGET method , 下段は smart URL )
- WGS( BAET01000001) の履歴検索
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/gethistory?database=na&accession_number=BAET01000001
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/gethistory/na/BAET01000001
BAET01000001 BAET01000001
1 2015-09-15 16:20:47 2015-09-15 16:20:47 live
1 2014-06-28 09:14:29 2014-06-28 09:14:29 live
1 2012-06-07 07:05:36 2012-06-07 07:05:36 live
1 2012-06-01 07:05:51 2012-06-01 07:05:51 live
1 2012-03-10 07:10:00 2012-03-10 07:10:00 live
1 2012-03-10 07:03:37 2012-03-10 07:03:37 live
1 2012-02-21 07:03:15 2012-02-21 07:03:15 live
filetype(任意): 出力のファイルタイプを指定します。
デフォルト | text |
---|---|
html | HTMLファイル(revision 時点のフラットファイルにリンク) |
text | テキストファイル |
入力例 (上段はGET method , 下段は smart URL )
- アクセッション番号 AB628096 の履歴検索の結果を html で表示
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/gethistory?database=na&accession_number=AB628096&filetype=html
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/gethistory/na/AB628096/?filetype=html
accession | version | revision | change | state |
---|---|---|---|---|
AB628096 | 1 | 2015-05-29 18:00:00 release | 2015-05-29 18:00:00 release | live |
2015-02-27 14:00:00 release | 2015-02-27 14:00:00 release | live | ||
2014-11-25 13:00:00 release | 2014-11-25 13:00:00 release | live | ||
2014-08-29 21:00:00 release | 2014-08-29 21:00:00 release | live | ||
2014-05-30 12:00:00 release | 2014-05-30 12:00:00 release | live | ||
2014-02-21 12:00:00 release | 2014-02-21 12:00:00 release | live | ||
2013-11-29 12:00:00 release | 2013-11-29 12:00:00 release | live | ||
2013-08-30 07:00:00 release | 2013-08-30 07:00:00 release | live | ||
2013-05-24 12:00:00 release | 2013-05-24 12:00:00 release | live | ||
2013-02-22 12:00:00 release | 2013-02-22 12:00:00 release | live | ||
2012-11-22 15:00:00 release | 2012-11-22 15:00:00 release | live | ||
2012-08-24 12:00:00 release | 2012-08-24 12:00:00 release | live | ||
2012-05-25 12:00:00 release | 2012-05-25 12:00:00 release | live | ||
2012-02-24 07:17:46 | 2012-02-24 07:17:46 | live | ||
2012-02-24 07:02:55 | 2012-02-24 07:02:55 | live | ||
2011-11-25 11:27:22 release | 2011-11-25 11:27:22 release | live | ||
2011-10-22 23:01:47 | 2011-10-22 23:01:47 | live | ||
2011-08-26 10:33:50 release | 2011-08-26 10:33:50 release | live | ||
2011-05-27 12:38:45 release | 2011-05-27 12:38:45 release | live | ||
2011-05-11 23:09:49 | 2011-05-11 23:09:49 | live |
DDBJ エントリへのリンク設定方法
DDBJ の個々のエントリに対して,以下の方法でリンクを設定することができます。
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry?database=データベース名&accession_number=アクセッション番号&追加のパラメーター(任意)
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/データベース名/アクセッション番号
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/データベース名/アクセッション番号/?追加のパラメーター(任意)
例えば,アクセッション番号が AB000001 であるエントリは
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry?database=na&accession_number=AB000001
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/na/AB000001
アクセッション番号が BD500001 である特許庁由来アミノ酸配列のエントリは,
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry?database=aa&accession_number=BD500001
https://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/patent_aa/BD500001
上記の指定すると,該当のエントリが表示されます。
試しに次のアクセッション番号をクリックしてみて下さい。
AB000001
BD500001
DRA は getentry の検索対象外のため、リンク設定方法は上記の方法とは異なります。DRA のホームページをご参照下さい。