AGD への登録

登録概要

AGD は NBDC で承認された利用制限ポリシーを持つ，匿名化されたデータだけを受け付けています。 登録者は NBDC に AGD へのデータ提供を申請し， AGD は NBDC から正式に提供が承認された連絡を受け，登録者に登録手順を案内します。

AGD データを利用するためには，NBDC に利用を申請し，承認される必要があります。

メタデータオブジェクトに対して以下のプレフィックス付き管理用 ID が割り振られます。

AGD で発行される管理用 ID は論文で引用することはできません。論文投稿に必要なアクセッション番号は JGA や DRA から取得する必要があります。AGD は研究者間でのデータ共有 (制限共有) を実現するために DDBJ グループクラウドで提供するデータベースです。

塩基配列データ (raw/unaligned と aligned)

AGD でサポートしているファイル形式を以下に示します。 異なるファイル形式をもっている場合や不明な点がある場合は AGD に連絡してください。

データファイルが複数サンプルに由来するデータを含んでいる場合，投稿する前にファイルをサンプルごとに分割します。 そうすることによって Run は１つのサンプルに由来するデータファイルだけを持つようになります。

@read_name
GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTTT
+
!''*((((***+))%%%++)(%%%%).1***-+*''))**55CCF>>>>>>CCCCCCC65
...

@read_name/1
GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTTT
+
!''*((((***+))%%%++)(%%%%).1***-+*''))**55CCF>>>>>>CCCCCCC65
@read_name/2
GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTTT
+
!''*((((***+))%%%++)(%%%%).1***-+*''))**55CCF>>>>>>CCCCCCC65
...

アレイデータ (遺伝子型タイピング，SNP，遺伝子発現)

AGD は全ての種類のアレイプラットフォームからのデータを受け付けています。例えば，genotypes，遺伝子発現やメチル化解析データなどです。

AGD はこれらのデータの登録に柔軟に対応しており，Data にアレイ実験から得られたあらゆる種類のデータファイルを格納することができます。

AGD は生データ (例 CEL) と解析したデータの両方を登録することを推奨します。これらは利用者が結果をみるためだけではなく，論文で示されている結果を再現するためにも役立ちます。

AGD はサンプルに関連した表現型 (phenotype) 情報も Analysis にアーカイブしています。

変異データ

AGD は variation データの VCF 形式での登録を推奨しています。 AGD Analysis に vcf ファイルを登録することができます。

その他のデータ

Analysis は複数の Data もしくは Sample を参照することができるので，これらのオブジェクトに登録されているデータを解析，集計したデータを Analysis に登録することができます。Analysis に登録できるファイルの例を以下にリストします。

メタデータ

AGD データモデルは Sequence Read Archive のモデルを拡張してつくられています。 AGD メタデータは XML オブジェクトで構成されています。

AGD XML schema: AGD xsd

Analysis のみの登録

集計されたデータ，もしくは，Experiment-Data に格納するのが適切ではないデータを登録する場合は Sample-Experiment-Data ではなく Sample-Analysis セットでデータを登録することができます。

Sample-Analysis セットでデータ登録をする場合は JGA チームに連絡します。

登録の更新

登録を更新するためには AGD チームに連絡します。