Submission

Center Name

登録者が所属する組織に関する情報を記載します。

Center Name*

登録者が所属する組織の Center Name。Center Name リスト。DDBJ/EBI/NCBI SRA にデータを登録する際にはこの Center Name が必要です。

メタデータ作成ツールはアカウント情報から Center Name を自動的に取得します。

Center Name は登録の所有権を示すものではなく、SRA が運用上使用している略称です。所有権は Submitter に記載される登録者にあります。

Lab Name*

登録者が所属する研究室やグループ名。アカウントに登録されている "Lab/Group"、"Department (2)"、"Department (1)"、"Organization" がカンマで連結されたテキストが初期表示されます。

Hold Until

公開方法を指定します。

Hold Until*

公開予定日を設定します。最長で２年後まで設定でき、延長することができます。

Immediate Release*

即日公開。登録作業が終わり次第、データが公開されます。

Submitter

登録者の名前とメールアドレスのリストです。責任者 (principal investigator) を含めてください。登録に関する連絡は記入された全てのアドレスに対して行われます。責任者以外の人が登録作業をした場合、その作業者を含めてください。登録者情報は公開されません。登録者情報を明示したい場合は BioProject に記載してください。

Name*

登録者の名前。

E-mail*

登録者の電子メールアドレス。

BioProject

BioProject ID*

BioProject に登録済みのプロジェクトから該当するものを１つ選択するか、新規に BioProject を登録します。BioProject の登録方法は BioProject Handbook を参照してください。

BioSample

BioSample ID*

BioSample に登録済みのサンプルから該当するものを選択するか、新たにサンプルを登録します。BioSample の登録方法は BioSample Handbook を参照してください。

Experiment

Alias

自動的に Experiment に付けられる名前。アクセッション番号のないオブジェクトは Alias で参照されます。

BioSample Used*

Experiment が参照している BioSample を選択します。

Title*

検索結果で表示される Experiment の短いタイトル。 自動的に "[Sequencing Instrument Model] [paired end] sequencing of [BioSample ID]" というタイトル（例 "Illumina HiSeq 2000 paired end sequencing of SAMD00025741"）が構築されます。 独自のタイトルを入力する場合は、Experiment の内容をタブ区切りテキストファイルとしてダウンロードし、Title カラムにユニークなテキストを入力しアップロードします。

Library Name

ライブラリーの名前。

Library Source*

ライブラリー構築に用いた試料。

Library Source	Description
GENOMIC	Genomic DNA (includes PCR products from genomic DNA).
TRANSCRIPTOMIC	Transcription products or non genomic DNA (EST, cDNA, RT-PCR, screened libraries).
METAGENOMIC	Mixed material from metagenome.
METATRANSCRIPTOMIC	Transcription products from community targets.
SYNTHETIC	Synthetic DNA.
VIRAL RNA	Viral RNA.
OTHER	Other, unspecified, or unknown library source material.

Library Selection*

シークエンスに用いたライブラリを構築するためのサンプルの選別や濃縮方法。

Library Selection	Description
RANDOM	Random shearing only.
PCR	Source material was selected by designed primers.
RANDOM PCR	Source material was selected by randomly generated primers.
RT-PCR	Source material was selected by reverse transcription PCR.
HMPR	Hypo-methylated partial restriction digest.
MF	Methyl Filtrated.
repeat fractionation	Selection for less repetitive (and more gene rich) sequence through Cot filtration (CF) or other fractionation techniques based on DNA kinetics.
size fractionation	Physical selection of size appropriate targets.
MSLL	Methylation Spanning Linking Library.
cDNA	complementary DNA.
cDNA_randomPriming
cDNA_oligo_dT
PolyA	PolyA selection or enrichment for messenger RNA (mRNA); should replace cDNA enumeration.
Oligo-dT	enrichment of messenger RNA (mRNA) by hybridization to Oligo-dT.
Inverse rRNA	depletion of ribosomal RNA by oligo hybridization.
ChIP	Chromatin immunoprecipitation.
MNase	Micrococcal Nuclease (MNase) digestion.
DNAse	Deoxyribonuclease (DNase) digestion.
Hybrid Selection	Selection by hybridization in array or solution.
Reduced Representation	Reproducible genomic subsets, often generated by restriction fragment size selection, containing a manageable number of loci to facilitate re-sampling.
Restriction Digest	DNA fractionation using restriction enzymes.
5-methylcytidine antibody	Selection of methylated DNA fragments using an antibody raised against 5-methylcytosine or 5-methylcytidine (m5C)MBD2 protein methyl-CpG binding domain : Enrichment by methyl-CpG binding domain.
MBD2 protein methyl-CpG binding domain	MBD2 protein methyl-CpG binding domain.
CAGE	Cap-analysis gene expression.
RACE	Rapid Amplification of cDNA Ends.
MDA	multiple displacement amplification.
padlock probes capture method	Padlock Probes capture strategy to be used in conjuction with Bisulfite-Seq.
other	Other library enrichment, screening, or selection process.
unspecified	Library enrichment, screening, or selection is not specified.

Library Strategy*

ライブラリーの構築手法。

Library Strategy	Description
WGS	Whole genome shotgun.
WGA	Whole genome amplification.
WXS	Random sequencing of exonic regions selected from the genome.
RNA-Seq	Random sequencing of whole transcriptome.
miRNA-Seq	Micro RNA and other small non-coding RNA sequencing.
ncRNA-Seq	Capture of other non-coding RNA types, including post-translation modification types such as snRNA (small nuclear RNA) or snoRNA (small nucleolar RNA), or expression regulation types such as siRNA (small interfering RNA) or piRNA/piwi/RNA (piwi-interacting RNA).
ssRNA-seq	strand-specific RNA sequencing
WCS	Whole chromosome (or other replicon) shotgun.
CLONE	Genomic clone based (hierarchical) sequencing.
POOLCLONE	Shotgun of pooled clones (usually BACs and Fosmids).
AMPLICON	Sequencing of overlapping or distinct PCR or RT-PCR products.
CLONEEND	Clone end (5', 3', or both) sequencing.
FINISHING	Sequencing intended to finish (close) gaps in existing coverage.
RAD-Seq	Restriction Site Associated DNA Sequence
ChIP-Seq	Direct sequencing of chromatin immunoprecipitates.
MNase-Seq	Direct sequencing following MNase digestion.
DNase-Hypersensitivity	Sequencing of hypersensitive sites, or segments of open chromatin that are more readily cleaved by DNaseI.
Bisulfite-Seq	Sequencing following treatment of DNA with bisulfite to convert cytosine residues to uracil depending on methylation status.
EST	Single pass sequencing of cDNA templates.
FL-cDNA	Full-length sequencing of cDNA templates.
CTS	Concatenated Tag Sequencing.
MRE-Seq	Methylation-Sensitive Restriction Enzyme Sequencing strategy.
MeDIP-Seq	Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing strategy.
MBD-Seq	Direct sequencing of methylated fractions sequencing strategy.
Tn-Seq	Gene fitness determination through transposon seeding.
FAIRE-seq	Formaldehyde Assisted Isolation of Regulatory Elements
SELEX	Systematic Evolution of Ligands by EXponential enrichment
RIP-Seq	Direct sequencing of RNA immunoprecipitates (includes CLIP-Seq, HITS-CLIP and PAR-CLIP).
ChIA-PET	Direct sequencing of proximity-ligated chromatin immunoprecipitates.
Hi-C	Chromosome Conformation Capture technique where a biotin-labeled nucleotide is incorporated at the ligation junction, enabling selective purification of chimeric DNA ligation junctions followed by deep sequencing
ATAC-seq	Assay for Transposase-Accessible Chromatin (ATAC) strategy is used to study genome-wide chromatin accessibility. alternative method to DNase-seq that uses an engineered Tn5 transposase to cleave DNA and to integrate primer DNA sequences into the cleaved genomic DNA
Targeted-Capture
Tethered Chromatin Conformation Capture
Synthetic-Long-Read	binning and barcoding of large DNA fragments to facilitate assembly of the fragment
Other	Library strategy not listed.

Library Construction Protocol

DNA の断片化 (DNA fragmentation)、アダプター配列などのライゲーション (DNA ligation) や濃縮 (DNA enrichment) 方法をフリーテキストで記載します。キットを使用した場合はキットの名前とバージョン (あれば) を含めます (例 Illumina Nextera DNA Library Preparation Kit)。

参考: Alnasir J, Shanahan HP. Investigation into the annotation of protocol sequencing steps in the sequence read archive. Gigascience. 2015 May 9;4:23. doi: 10.1186/s13742-015-0064-7. eCollection 2015. PMID: 25960871 (Open Access)

Instrument*

シークエンサの機種を選択します。

Instrument Model
454 GS
454 GS 20
454 GS FLX
454 GS FLX+
454 GS FLX Titanium
454 GS Junior
Illumina Genome Analyzer
Illumina Genome Analyzer II
Illumina Genome Analyzer IIx
Illumina HiSeq 1000
Illumina HiSeq 1500
Illumina HiSeq 2000
Illumina HiSeq 2500
Illumina HiSeq 3000
Illumina HiSeq 4000
Illumina MiSeq
Illumina MiniSeq
Illumina HiScanSQ
HiSeq X Five
HiSeq X Ten
NextSeq 500
NextSeq 550
Helicos HeliScope
AB SOLiD System
AB SOLiD System 2.0
AB SOLiD System 3.0
AB SOLiD 3 Plus System
AB SOLiD 4 System
AB SOLiD 4hq System
AB SOLiD PI System
AB 5500 Genetic Analyzer
AB 5500xl Genetic Analyzer
AB 5500xl-W Genetic Analysis System
Complete Genomics
MinION
GridION
PromethION
PacBio RS
PacBio RS II
Sequel
Ion Torrent PGM
Ion Torrent Proton
Ion Torrent S5
Ion Torrent S5 XL
AB 310 Genetic Analyzer
AB 3130 Genetic Analyzer
AB 3130xL Genetic Analyzer
AB 3500 Genetic Analyzer
AB 3500xL Genetic Analyzer
AB 3730 Genetic Analyzer
AB 3730xL Genetic Analyzer

Spot Type*

データファイル中のリード構成を選択します。

Spot Type	Description
single	Single read
paired (FF)	Paired reads with same direction.
paired (FR)	Paired reads with opposite direction.

Nominal Length*

ペアエンドライブラリを構築した際のインサートサイズ。

Nominal Sdev

インサートサイズの標準偏差

Spot Length*

データファイル中のリードの長さを記載します。ペアードの場合は両リードの合計長 (ギャップ長は除きます) を記入します。

• Spot length が一定の場合、一定の値を記入
• リード長が一定ではない 454 プラットフォームの場合、フロー数を記入
• 不定長の fastq の場合、平均長を記入

Run

Alias

自動的に Run に付けられる名前。アクセッション番号のないオブジェクトは Alias で参照されます。

Title*

Run の短いタイトル。ユニークなタイトルを付けます。 検索結果で表示される Run の短いタイトル。 自動的に "[Sequencing Instrument Model] [paired end] sequencing of [BioSample ID]" というタイトル（例 "Illumina HiSeq 2000 paired end sequencing of SAMD00025741"）が構築されます。 独自のタイトルを入力する場合は、Run の内容をタブ区切りテキストファイルとしてダウンロードし、Title カラムにユニークなテキストを入力しアップロードします。

Experiment Referenced*

Run が属する Experiment を選択します。

Data files for Run

Run に含めるデータファイルを選択します。

Run/Analysis

データファイルが Run もしくは Analysis に属しているのかを指定します。ウェブ画面上では入力できず、属している Run もしくは Analysis の alias が選択されると自動的に入力されます。タブ区切りテキストファイルで入力する場合には、Run もしくは Analysis を入力します。

File Name*

シークエンスデータファイル名。DRA サーバにアップロードされているファイル名が自動的に入力されます。

Run/Analysis contains files*

データファイルが属する Run を選択します。

File Type*

シークエンスデータのファイル形式。リード長が一定ではない fastq ファイルの場合は "generic_fastq"、一定の場合は "fastq" を選択します。

File Type	Description
generic_fastq	fastq files with variable read length
fastq	fastq files with constant read length
sff	454 Standard Flowgram Format file
hdf5	PacBio hdf5 Format file
bam	Binary SAM format for use by loaders that combine alignment and sequencing data
tab	A tab-delimited table maps "SN in SQ line of BAM header" and "reference fasta file"
reference_fasta	Reference sequence file in single fasta format used to construct SRA archive file format. Filename must end with ".fa"

MD5 Checksum*

データファイルの MD5 チェックサム値。MD5 チェックサム値の取得方法

Analysis

Alias

自動的に Analysis に付けられる名前。アクセッション番号のないオブジェクトは Alias で参照されます。

Title*

Analysis オブジェクトのタイトル。

Description*

Analysis の内容を記述します。

Analysis Type*

Analysis の種類を選択します。アライメントデータは Run に登録します。

Analysis Type	Description
De Novo Assembly	A placement of sequences including trace, SRA, GI records into a multiple alignment from which a consensus is computed..
Sequence Annotation	Per sequence annotation of named attributes and values. Example: Processed sequencing data for submission to dbEST without assembly. Reads have already been submitted to one of the sequence read archives in raw form. The fasta data submitted under this analysis object result from the following treatments, which may serve to filter reads from the raw dataset:     - sequencing adapter removal     - low quality trimming     - poly-A tail removal     - strand orientation     - contaminant removal.
Abundance Measurement	Identify the tools and processing steps used to produce the abundance measurements (coverage tracks).

Data files for Analysis

Analysis に含めるデータファイルを選択します。

Run/Analysis

データファイルが Run もしくは Analysis に属しているのかを指定します。ウェブ画面上では入力できず、属している Run もしくは Analysis の alias が選択されると自動的に入力されます。タブ区切りテキストファイルで入力する場合には、Run もしくは Analysis を入力します。

File Name*

解析データのファイル名。

Run/Analysis contains files*

データファイルが属する Analysis を選択します。

File Type*

解析データのファイル形式。

File Type	Description
bam	Binary form of the Sequence alignment/map format for read placements, from the SAM tools project. See http://sourceforge.net/projects/samtools/.
tab	A tab delimited text file that can be viewed as a spreadsheet. The first line should contain column headers..
ace	Multiple alignment file output from the phred assembler and similar programs. See http://www.phrap.org/consed/distributions/README.16.0.txt for a description of the ACE file format..
fasta	Sequence data format indicating sequence base calls.The format is simple: a header line initiated with the > character, data lines following with base calls..
wig	The wiggle (WIG) format allows display of continuous-valued data in track format.This display type is useful for GC percent, probability scores, and transcriptome data. See http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/wiggle.html for a description of the Wiggle Track format..
bed	BED format provides a flexible way to define the data lines that are displayed in an annotation track. See http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat#format1 for a description of the BED format..
vcf	Variant Call Format. See http://www.1000genomes.org/wiki/analysis/variant%20call%20format/vcf-variant-call-format-version-41 for a description of the VCF format.
maf	Mutation Annotation Format
gff	General Feature Format
csv
tsv

MD5 Checksum*

Analysis データファイルの MD5 チェックサム値。MD5 チェックサム値の取得方法補足