DDBJ Search

DDBJ Searchの機能について

DDBJ Search は、アクセッション番号やキーワードによる INSDC BioProject/BioSample/SRA および JGA/GEA/MetaboBank の検索にご利用いただけます。
データの変更履歴の検索は、行うことができません。
DDBJ Search は webAPI として実装しており、入力フォームからだけでなく、プログラムなどから直接呼び出すことも可能です。
DDBJ フラットファイルの検索は DDBJ Search ではなく、getentry をご利用ください。

入力フォームによる検索

https://ddbj.nig.ac.jp/searchからご利用下さい。

Keyword欄の入力

アクセッション番号やキーワードで検索できます。
ワイルドカード（*、?）は使用不可できません。

1) アクセッション番号

アクセッション番号を入力します。
入力したアクセッション番号に対して、前方一致、大文字小文字の区別なしで検索を行います。
複数アクセッション番号の指定、範囲の指定はできません。
例：PRJDB1000
例：SAMD00020000

2) キーワード

BioProject、BioSample、SRA、JGA、GEA、MetaboBankのメタデータの内容をキーワードとして入力します。
検索対象は、TitleとDescriptionの記載内容になります。
入力した文字列に対して、前方一致、大文字小文字の区別なしで検索を行います。
AND/OR 検索はできません。入力された文字列は、スペースも含めて一つながりの文字列として検索します。
例：Homo sapiens
例：metagenome

ファセットメニューの選択

・画面左のファセットメニュー（Database、Type、Organism、Published Date）を用いて、検索対象を絞り込むことができます。

1) Database

・BioProject、BioSample、SRA、JGA、GEA、MetaboBankの6項目から選択できます。

2) Type

・bioproject、biosample、sra-submission、sra-study、sra-sample、sra-experiment、sra-run、sra-analysis、jga-dataset、jga-study、jga-policy、jga-dac、gea、metabobankの14項目から選択できます。

3) Organism

リストされた生物名から選択できます。
Organismのキーワード欄には、ファセットメニューにリストされた生物名（件数上位100件）を入力できます。それ以外の生物名に関しては、一番左上のキーワード検索欄をご利用ください。

4) Published Date

・データ公開日の範囲を指定することができます。

出力形式

フォームでの入力とファセットメニューの選択の組み合わせの検索結果が表示されます。
各レコードをクリックすると、各データベースで定められている形式で表示されます。
表示されるメタデータの項目は以下になります。
各項目は、値がない場合には項目自体が表示されない場合があります。

1) 共通項目

Identifier	アクセッション番号
Type	データタイプ：bioproject、biosample、sra-submission、sra-study、sra-sample、sra-experiment、sra-run、sra-analysis、jga-dataset、jga-study、jga-policy、jga-dac、gea、metabobankのいずれかの値
sameAs	同一内容のレコードの、他のデータベースでの番号（ID）
Organism	生物名（NCBI Taxonomy databaseの値）
Title	内容を表す短いタイトル
Description	内容に関する記載
Properties	メタデータのJSON形式での表示。黒枠の右上の「+」のアイコンで全体表示、「－」のアイコンで部分表示の切り替えを行うことができ、その左側のアイコンで内容をコピーできます。
dbXrefs	INSDCのデータベース（BioProject、BioSample、SRA、Assembly、conventional sequence data、bulk sequence data (WGS/TLS/TSA) のmaster record、NCBI taxonomy）、DDBJのデータベース（GEA、MetaboBank、JGA）、NBDCヒトデータベースおよびNCBI PubMedの関連するアクセッション番号へのリンク*
Download	ダウンロードファイルへのリンク
Status	INSDCのデータ公開ステータス
Accessibility	データへのアクセス制限状態**
Date Created	データの登録日
Date Modified	データの最終公開日
Date Published	データの初回公開日

* 項目別に100件まで表示。それ以上の件数の場合は、右上のdedicated APIをクリックすることでJSON形式で全件を表示。
** controlled-accessは、生データおよび詳細メタデータの取得にNBDCヒトデータベースへの利用申請が必要な、ヒト個人由来サンプルのアクセス制限データであることを示す。

2) Type ごとの個別項目

bioproject

Project type	Umbrellaプロジェクトの場合、UmbrellaBioProjectと表示
parentBioprojects	上の階層のBioProjectのリスト
childBioprojects	下の階層のBioProjectのリスト
Organization	プロジェクトの実施機関
Publication	文献情報
Grant	プロジェクトの予算の情報
External link	プロジェクトに直接関連するリソース（例：GEA、MetaboBank、GEO）の URL

biosample

Host	生物の(実験室ではない)自然界における宿主の学名
Strain	微生物や真核生物の株名
Isolate	サンプルが得られた個体やサンプルの識別子
Geo Loc Name	サンプルを採集した場所
Collection Date	サンプルを採集した日時
Attributes	サンプルパッケージの属性（attribute）情報

sra-sample

Geo Loc Name	サンプルを採集した場所
Collection Date	サンプルを採集した日時
Attributes	サンプルパッケージの属性（attribute）情報

sra-experiment

Library Strategy	ライブラリーの構築手法
Library Source	ライブラリー構築に用いた試料
Library Selection	シークエンスに用いたライブラリを構築するためのサンプルの選別や濃縮方法
Library Layout	データファイル中のリード構成
Library Name	ライブラリーの名前
Library Construction Protocol	ライブラリーの構築方法の詳細
Platform	分析装置名
Instrument Model	シークエンサの機種

gea

Experiment Type

実験方法の種別

metabobank

Study Type	研究内容の種別
Experiment Type	実験方法の種別
Submission Type	登録の種別 (例：LC-MS、GC-MS)

上限（最大表示件数）

10000件

ダウンロードファイル

[BioProject/BioSample]のメタデータ	JSON, JSON-LD
[SRA]のメタデータ	XML
[SRA] fastq	FASTQ
[SRA] sra	SRA
[SRA]のanalysisデータ	DATA

WebAPI プログラムによる検索

DDBJ Search は webAPI として実装しており，入力フォームからだけでなく，プログラムなどから直接呼び出すことも可能です。詳細は以下をご参照ください。

https://github.com/ddbj/ddbj-search-api（日本語）

各レコードへのリンク設定方法

BioProject、BioSample、SRA、JGA、GEA、MetaboBank の個々のレコードに対して，以下の方法でリンクを設定することができます。

https://ddbj.nig.ac.jp/search/entry/Type名/アクセッション番号

例：
https://ddbj.nig.ac.jp/search/entry/bioproject/PRJDB1000
https://ddbj.nig.ac.jp/search/entry/sra-experiment/SRX10474797
https://ddbj.nig.ac.jp/search/entry/gea/E-GEAD-282
https://ddbj.nig.ac.jp/search/entry/metabobank/MTBKS201

上記の指定をすると，該当のレコードが表示されます。