動画一覧

NGS

DRA（DDBJ Sequence Read Archive）

SRA データモデル
SRA データモデル SRA データモデルの概要(2'02")

登録を始める前に
データファイルの準備 登録するデータファイルの形式について(2'54")
データファイルの準備（BAM file） Binary Alignment/Map (BAM) ファイルを使用する場合(3'41")
メタデータの構成の決め方 メタデータにはシークエンスデータがどのようにして得られたのかが記載されています。(1'41")
DDBJ アカウントの取得 DRA は D-way から登録するので、アカウントの取得が必要です(1'10")
鍵ペアの作成 - Windows（動画マニュアル） Windows で公開鍵・秘密鍵ペアを作成する方法(1'34")
鍵ペアの作成 - Mac（動画マニュアル） Mac で公開鍵・秘密鍵ペアを作成する方法(1'20")
DDBJ 登録アカウントの作成（動画マニュアル） DDBJ アカウントの取得方法, Center neme, 公開鍵の登録方法 ※動画冒頭の DDBJ HP は以前のものです。 D-way はこちらからアクセスしてください。 https://ddbj.nig.ac.jp/D-way/(2'54")

登録手順
新規登録の作成 DRA 新規登録を開始する方法(1'37")
データファイルの転送 DRA データ受付サーバにデータファイルを転送する方法(0'54")
データの転送 - Windows（動画マニュアル） Windows で DRA データ受付サーバにデータファイルを転送する方法(1'53")
データの転送 - Mac（動画マニュアル） Mac で DRA データ受付サーバにデータファイルを転送する方法(1'53")
メタデータの作成-Submission Submission には"登録者", "公開予定日"を入力します(1'28")
メタデータの作成-BioProject, BioSample DRA が参照する BioProject, BioSample を指定します(2'43")
メタデータの作成-Experiment エクセルなどの表計算ソフトでメタデータをまとめて作成することができます。(2'41")
メタデータの作成-Run エクセルなどの表計算ソフトでメタデータをまとめて作成することができます。(1'55")
メタデータの投稿 全てのメタデータを入力したら、内容を投稿します(0'49")
データファイルの検証 転送したシークエンスデータファイルをアーカイブ用 SRA ファイルに変換する過程で MD5 値とシークエンスデータの整合性を検証します。(2'07")
アクセッション番号の発行 メタデータとシークエンスデータに問題がなければ、アクセッション番号が発行されます(1'28")
アクセッション番号の引用 論文へのアクセッション番号の引用について(1'01")

データの公開と更新
データの公開と連動公開 登録された DRA のデータが公開される条件(2'47")
データの更新 登録した DRA のデータ更新方法(2'03")

オリジナル
DRA（DDBJ Sequence Read Archive）の紹介 第34回 DDBJing 講習会 in 三島（2016.12.15-16）(34'01")

BioProject, BioSample {#BioProject,_BioSample}

SRA データモデル
DDBJ センターが運営するデータベース DDBJ センターが運営するデータベースの概要。(2'11")
SRA データモデルにおける BioProject, BioSample SRA データモデルのオブジェクトの構成。(1'30")

BioProject の登録を始める前に
プロジェクトの登録が必要な場合 DRA と 一部の DDBJ 登録の際に BioProject の登録が必要です。(0'39")
BioProject の概要 BioProject は研究プロジェクトと INSDC が運営するデータベースに存在するデータを管理します。(1'32")
DDBJ アカウントの取得 BioProject の登録には D-way アカウントの取得が必要です。(0'35")

BioProject の登録手順
BioProject の登録 新規 BioProject の登録方法。(5'11")
ヒトを対象とした研究データの登録 市販の検体以外のヒト由来資料を用いた研究における注意点。(2'10")
アンブレラプロジェクトの活用 アンブレラプロジェクトは、関連性のある複数のプロジェクトを上位レベルでまとめます。(1'49")
プロジェクトの定義 Project は複雑なプロジェクトや異なる特徴を持ったサブプロジェクトを表現できるよう、柔軟に定義されています。(1'40")

BioSample の登録を始める前に
BioSample の概要 BioSample はデータベースに登録されている実験データを得るのに使われたサンプルに関する情報を管理するデータベースです。(1'44")

BioSample の登録手順
BioSample の登録 新規 BioSample の登録方法。(5'38")
塩基配列登録にはいくつのサンプルが必要ですか BioSample の登録例。(1'56")

データの公開と更新
アクセッション番号の引用 DDBJ, DRA への BioProject/BioSample の引用(0'50")
BioProject と BioSample の連動公開 BioProject/BioSample と塩基配列データの連動公開について。(1'28")
データの公開と更新 登録済みデータの公開と更新。(1'21")

オリジナル
BioProject, BioSample の紹介 第34回 DDBJing 講習会 in 三島（2016.12.15-16）(29'18")

JGA（Japanese Genotype-phenotype Archive）

データモデル
DDBJ センターが運営するデータベース -(1'13")

JGA 審査
DDBJ と NBDC の役割分担 -(2'08")
NBDC での審査のポイント - 提供・利用 -(2'07")

登録を始める前に
日/米/欧のアクセス制限データベース -(2'01")
JGA データモデル -(5'12")

INSDC

NSSS（DDBJ Nucleotide Sequence Submission System）

登録の前に
NSSS で受け付けるデータと登録の流れ -(2'00")
DDBJ フラットファイル -(0'55")
登録環境 -(1'17")
登録に必要な情報 -(2'23")
DDBJ 塩基配列登録システムの特徴 -(2'07")

登録手順
登録の開始 -(3'50")
入力の流れ -(5'38")
プログレスバー --(1'00")
Contact person -(0'55")
Hold date -(2'01")
Submitter -(2'07")
Reference -(2'24")
Sequence -(2'14")
Template -(2'30")
Annotation 表形式入力 -(5'44")
Annotation Template で other を選択した際の入力 -(2'46")
Finish 最終確認画面 -(5'05")
よくある入力ミス -(5'40")

オリジナル
DDBJ Nucleotide Sequence Submission System の紹介 第29回 DDBJing 講習会 in 三島（2014.06.12）(53'08")

MSS（Mass Submission System）

登録を始める前に
DDBJ へのデータ登録 -(3'35")
DDBJ で使われている用語について -(4'12")
WGS データ -(2'51")
TSA データ -(1'27")

登録の手順
MSS に登録するデータ -(2'22")
登録手順 -(3'47")
BioProject, BioSample の登録（CON, WGS, complete genome, TSA） -(3'45")
登録ファイルの作成ー配列ファイル -(3'43")
登録ファイルの作成ーアノテーションファイル -(2'20")
WGS の登録例 -(5'33")
AGP ファイル-CON の登録 -(2'58")

検証処理
UME -(3'15")
データの送付 -(2'00")

オリジナル
Mass Submission System の紹介 第33回 DDBJing 講習会 in 東京（2015.11.11.）(43'24")