Expression analysis using transcriptome as references

リファレンスゲノムが整備されていない生物の RNA-seq データから転写産物の de novo アセンブリを構築し、アセンブリをリファレンスとしてリードから発現量を取得する研究が広く行われています。
本ページではそのようにして得られた発現データと転写産物アセンブリの登録方法を説明しています。

発現データ

GEA の解析データファイル (processed data file) として遺伝子や転写産物の発現量 (カウント) を登録します。 遺伝子と転写産物は、RefSeq、Ensembl や INSDC の ID と対応がとれるようにします。

Transcriptome Shotgun Assembly

転写産物アセンブリ配列は DDBJ Transcriptome Shotgun Assembly (TSA) として INSDC に登録することを検討してください。 TSA の遺伝子アノテーションは必須ではありません。
TSA には RNA-Seq リードの混合アセンブルなどのように、複数サンプルをまとめてアセンブルした配列を登録することができます。