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Genomic Expression Archive

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MAGE-TAB の例

IDF 例

IDF スプレッドシート例 (Microarray) IDF スプレッドシート例 (NGS)

Comment[GEAAccession] E-GEAD-369  
MAGE-TAB Version 1.1  
Investigation Title Transcriptional profiling of Arabidopsis leaves exposed to elevated temperature  
Experiment Description We investigated genome-wide … biological replicates were analyzed.  
Experimental Design stimulus or stress design  
Experimental Factor Name temperature  
Experimental Factor Type temperature  
Person Last Name Test  
Person First Name Tarou  
Person Affiliation DDBJ Center, National Institute of Genetics  
Person Roles submitter  
Public Release Date 2018-06-22  
PubMed ID 29040613  
Protocol Name P-GEAD-535 …
Protocol Type sample collection protocol …
Protocol Description Plants were sown on GM medium … 22 degrees celsius. …
SDRF File E-GEAD-369.sdrf.txt  
Comment[Number of channel] single-channel  
Comment[Array Design REF] A-AFFY-2  
Comment[AEExperimentType] transcription profiling by array  
Comment[BioProject] PRJDB3647  
Comment[Public Release Date] 2018-06-22  
Comment[Last Update Date] 2018-06-22  

サポートされている IDF タグの全リストは IDF ページをご覧ください。

SDRF 概念的な例

SDRF スプレッドシート例 (Microarray) SDRF スプレッドシート例 (NGS)

  • Example 1: サンプル毎の生データと解析済みデータファイル
  • Example 2: Two-color マイクロアレイ
  • Example 3: サンプル毎の次世代シークエンス DRA 生データ (Run) と解析済みデータファイル、及び、解析済みマトリックスファイル

以下の例では概念上重要なカラムに限定した SDRF グラフと対応する表を示しています。青色のカラムヘッダーはグラフノード(Name カラム)を表しています。

Example 1: サンプル毎の生データと解析済みデータファイル

単純なマイクロアレイ実験。各サンプルに対して1つの生データファイルと解析済みデータファイルがあるケース。

各サンプルに対して1つの生データファイルと解析済みデータファイルがあるケース
各サンプルに対して1つの生データファイルと解析済みデータファイルがあるケース
Source Name Protocol REF Assay Name Array Data File Derived Array Data File
Source 1 P-GEAD-10 Hybridization 1 Data1.CEL Processed1.txt
Source 2 P-GEAD-10 Hybridization 2 Data2.CEL Processed2.txt
Source 3 P-GEAD-10 Hybridization 3 Data3.CEL Processed3.txt
Source 4 P-GEAD-10 Hybridization 4 Data4.CEL Processed4.txt

各サンプルに対して1つの生データファイルと解析済みデータファイルがあるケース

Example 2: Two-color マイクロアレイ

Two-color マイクロアレイ
Two-color マイクロアレイ
Source Name Extract Name Labeled Extract Name Label Assay Name
Source 1a Extract 1a LabeledExtract 1a Cy3 Cy3 Hybridization 1
Source 1b Extract 1b LabeledExtract 1b Cy5 Cy5 Hybridization 1
Source 2a Extract 2a LabeledExtract 2a Cy3 Cy3 Hybridization 2
Source 2b Extract 2b LabeledExtract 2b Cy5 Cy5 Hybridization 2
Source 3a Extract 3a LabeledExtract 3a Cy3 Cy3 Hybridization 3
Source 3b Extract 3b LabeledExtract 3b Cy5 Cy5 Hybridization 3

Two-color マイクロアレイ

Example 3: サンプル毎の次世代シークエンス DRA 生データ (Run) と解析済みデータファイル、及び、解析済みマトリックスファイル

単純な次世代シークエンス実験。サンプル毎の次世代シークエンス DRA 生データ (Run) と解析済みデータファイル、及び、解析済みマトリックスファイル

サンプル毎の次世代シークエンス DRA 生データ (Run)
と解析済みデータファイル、及び、解析済みマトリックスファイル
サンプル毎の次世代シークエンス DRA 生データ (Run) と解析済みデータファイル、及び、解析済みマトリックスファイル

{:/}

Source Name Protocol REF Assay Name Array Data File Derived Array Data File Derived Array Data Matrix File
Source 1 P-GEAD-20 Sequencing 1 DRR000001 Processed1.txt Processed-matrix.txt
Source 2 P-GEAD-20 Sequencing 2 DRR000002 Processed2.txt Processed-matrix.txt
Source 3 P-GEAD-20 Sequencing 3 DRR000003 Processed3.txt Processed-matrix.txt
Source 4 P-GEAD-20 Sequencing 4 DRR000004 Processed4.txt Processed-matrix.txt

サンプル毎の次世代シークエンス DRA 生データ (Run) と解析済みデータファイル、及び、解析済みマトリックスファイル

MAGE-TAB 実際の例

SDRF スプレッドシート例

以下は ArrayExpress に実際に登録されているマイクロアレイとシークエンシング実験の MAGE-TAB 例です。

Accession Number IDF Text SDRF Text Experiment Summary Platform
E-TABM-18 idf text sdrf text Transcription profiling of 35 different Arabidopsis thaliana ecotypes Affymetrix
E-TABM-985 idf text sdrf text Transcription profiling by array of mouse testis development, dye swap design Compugen
E-MEXP-2665 idf text sdrf text ChIP-chip by array of mouse cell lines and fresh tissues Multiple platforms
E-TABM-855 idf text sdrf text Genotyping of human lymphoblastoid cell lines from pairs of HapMap indiviudals Illumina GoldenGate SNP array
E-MTAB-371 idf text sdrf text ChIP-seq of human myofibroblasts Illumina Sequencing
E-MTAB-6311 idf text sdrf text Transcription changes in zebrafish embryos of different developmental ages after exposure to cyanide (two factor values) Affymetrix
E-GEOD-26444 idf text sdrf text Deep sequencing-based analysis of the anaerobic stimulon SOLiD sequencing
E-GEOD-24366 idf text sdrf text Global changes following N-deprivation in Chlamydomonas 454 sequencing

MAGE-TAB 実際の例