Genomic Expression Archive
Spatial gene expression
空間的遺伝子発現データ
空間的遺伝子発現データの登録では、測定された遺伝子発現量と空間上の位置が対応付けられるようになっていることが必要です。
Visium
10xGenomics Visium から出力される組織切片上の空間的な遺伝子発現プロファイルデータの登録方法を説明します。
空間的な遺伝子発現量測定に使用したバーコード配列、バーコード配列を含むスポットの位置、組織切片画像、スポットと画像の対応倍率、を登録します。
- What format of 10x Genomics data should I submit to NCBI GEO/SRA?
- Spatial Gene Expression - Image Outputs
- Understanding Outputs
上記の Visium ページで示されている出力ファイルの内、以下のファイルを生・解析データと一緒に登録します。他の関連するファイルを含めることもできます。
DRA
- fastq or bam
DRA Experiment の Library Construction Protocol にシングルセルライブラリー構築手法（例 Smart-seq2、10x、Drop-seq）、使用したキットの名前とバージョンを記入します。 10x の場合は 10x chemistry のバージョン (例 v1、v2) も記入します。
GEA
GEA processed data
- GEX Matrix: 遺伝子発現データ
- tissue_hires_image.png, tissue_lowres_image.png: 組織切片の画像
- scalefactors_json.json: 画像とスポットとの倍率を含む対応関係
- tissue_positions_list.csv: バーコード配列とスポット座標との対応関係
- web_summary.html: サマリーデータ (任意)
- cloupe.cloupe: データ可視化と解析のための Loupe Browser ファイル (任意)
CytAssist enabled Gene Expression (GEX) では spatial サブディレクトリに出力される以下のファイルも追加します。
- aligned_tissue_image.jpg (web_summary.html を登録する場合は省略できます)
- cytassist_image.tiff
上記のファイルを tar でまとめて GEA processed data として登録します。
Xenium
10xGenomics Xenium から出力される空間的な遺伝子発現データについては出力ファイル一式を tar.gz でアーカイブ・圧縮したものを GEA の解析済みデータファイルとして登録してください。Submission Type は Microarray を選択し、生データファイルには dummy データファイル (md5 値: 5a3c1b7fe06fb47ffcf4b31ae87a8ee4) を登録します。Array Design Accession は A-GEAD-11 を入力します (dummy の内容で登録されます)。