MAGE-TAB format for raw and processed data matrix

Data matrix format

このファイルフォーマットは各データポイントが experiment 中の特定 assay、そして array design file 中の特定 probe/probe set にマッピングされるようにするためのものです。 支障なくマッピングされるためには各マトリックスファイルが一つのアレイデザインに由来するアッセイのみを含んでいる必要があり(experiment で一つ以上のアレイデザインを使っている場合は複数のマトリックスファイルが必要です)、また、カラム/行のヘッダーとカラムの順番が厳密に制御されている必要があります。

Column/row ヘッダー:

マトリックスファイルの一行目のヘッダーは assay name で assay とデータを対応付ける Hybridization REF である必要があります。二行目のヘッダーには各カラムの "quantitation type" (log2 ratio といった測定値の種類) をリストします。そして一列目は Reporter REF とし、アレイデザインファイルの probe ID とデータが対応付けられるようにします。

複数アッセイの測定値を計算した場合:

Log2 fold-change といった計算値は往々にして一つ以上のアッセイの測定値を含んでいます (例えば全ての遺伝子について3つのノックアウトサンプルに対して3つの野生型コントロールサンプルの平均値を計算した場合)。このケースでは各カラムにセミコロンで区切った複数の assay name を記載します。

Hybridization REF Hyb1;Hyb2;Hyb3 Hyb4;Hyb5;Hyb6
Reporter REF log2 FC log2 FC

データカラムの順番:

マトリックス形式ではカラムの順序と構成が定められています: 最初は assay 続いて quantitation type の順になります:

Correct

Hybridization REF Hyb1 Hyb1 Hyb2 Hyb2
Reporter REF log2 FC p-value log2 FC p-value

Wrong

Hybridization REF Hyb1 Hyb2 Hyb1 Hyb2
Reporter REF log2 FC log2 FC p-value p-value

Affymetrix 以外の data matrix の例

下記の例では6つの内4つのアッセイが matrix file 中の log2 ratio にマッピングされています。 各データ行は array design file(このケースでは A-AGIL-6)で定義されている Reporter Name にマップされています。

SDRF 中の Assay Name カラム:

Assay Name
Sample 1:Cy3
Sample 2:Cy3
Sample 3:Cy3
Sample 4:Cy3

Non-Affymetrix data matrix:

Hybridization REF Sample 1:Cy3;Sample 2:Cy3 Sample 3:Cy3;Sample 4:Cy3
Reporter REF log2 ratio log2 ratio
A_42_P834147 4.2 2.6
A_43_P19480 1.9 1.3
A_42_P495989 5.3 9.8

Affymetrix data matrix の例

この例では6つの内2つのアッセイが二種類の quantitation type (CELIntensity、CELStdev) にマップされています。各データ行は array design file(この場合は A-AFFY-44)で定義されている CompositeElement Name (Affymetrix probe set は複数 probe で構成されているため) にマップされています。

Assay Name nodes in SDRF:

Assay Name
Sample 1:biotin
Sample 2:biotin

Affymetrix data matrix:

Hybridization REF Sample 1:biotin Sample 1:biotin Sample 2:biotin Sample 2:biotin
CompositeElement REF CELIntensity CELStdev CELIntensity CELStdev
AFFX_ThrX-M_at 142.1 2.6 199.1 6.5
20050_at 70.4 1.3 88.3 4.7
20051_at 227.3 9.8 213.2 3.5