GEA への登録

概要

GEA はマイクロアレイや次世代シークエンサから出力される機能ゲノミクスデータを受け付けています。主要な experiment type としては transcription profiling (mRNA と miRNA)、chromatin immunoprecipitation (ChIP) と SNP genotyping が挙げられます。GEA における experiment type の全リスト。

マイクロアレイとシークエンシング実験の submission はそれぞれ MIAME と MINSEQE ガイドラインに準拠する必要があります。

GEA が受付けているデータ	GEA が受付けていないデータ
定量的な遺伝子発現、遺伝子発現制御、エピジェネティクス解析や SNP genotyping 等の機能ゲノミクス研究から得られたデータ。例: mRNA プロファイリング、RNA-seq small RNA プロファイリング、miRNA-seq ChIP-Seq HiC-seq methyl-seq、bisulfite-seq SNP マイクロアレイ genotyping データが GEA に登録可能かどうか不明な場合はお問い合わせください。	アクセス制限が必要なヒトデータ (JGA に登録してください) アセンブルされた転写産物 (DRA と DDBJ Transcriptome Shotgun Assembly に登録してください) 全ゲノムシークエンス (DRA と DDBJ WGS に登録してください) メタゲノムシークエンス (DRA と DDBJ Environmental sequence に登録してください) リシークエンス、塩基配列変異やコピー数変異 (DRA と NCBI (human-only) もしくは EBI variation resource に登録してください) survey シークエンスやエキソームシークエンス (DRA に登録してください) メタボロミクスやプロテオミクスデータ (プロテオミクスデータは jPOST に登録してください) これらのデータの登録先については DDBJ ウェブサイトを参照してください。

GEA が受付けているデータ

GEA が受付けていないデータ

定量的な遺伝子発現、遺伝子発現制御、エピジェネティクス解析や SNP genotyping 等の機能ゲノミクス研究から得られたデータ。

例:

mRNA プロファイリング、RNA-seq
small RNA プロファイリング、miRNA-seq
ChIP-Seq
HiC-seq
methyl-seq、bisulfite-seq
SNP マイクロアレイ genotyping

データが GEA に登録可能かどうか不明な場合はお問い合わせください。

アクセス制限が必要なヒトデータ (JGA に登録してください)
アセンブルされた転写産物 (DRA と DDBJ Transcriptome Shotgun Assembly に登録してください)
全ゲノムシークエンス (DRA と DDBJ WGS に登録してください)
メタゲノムシークエンス (DRA と DDBJ Environmental sequence に登録してください)
リシークエンス、塩基配列変異やコピー数変異 (DRA と NCBI (human-only) もしくは EBI variation resource に登録してください)
survey シークエンスやエキソームシークエンス (DRA に登録してください)
メタボロミクスやプロテオミクスデータ (プロテオミクスデータは jPOST に登録してください)

これらのデータの登録先については DDBJ ウェブサイトを参照してください。

ヒトを対象とした研究データの登録について: 研究対象者に由来するデータを DDBJ センターが運営するデータベースに登録する場合、研究対象者の尊厳及び人権は、適用されるべき法令、指針、ガイドライン、登録者が所属している機関の方針に従い、登録者の責任において保護されている必要があります。原則として、研究対象者を直接特定し得る情報はメタデータから取り除いてください。ヒトを対象とした研究データを登録する場合は「ヒトを対象とした研究データの登録について」を熟読してください。

登録ファイル

マイクロアレイ実験

マイクロアレイ実験の登録

シークエンシング実験

シークエンシング実験の登録

アクセッション番号

GEA の Experiment と Array design に対して以下の形式のアクセッション番号が発行されます (n は整数)。中央の四文字コードについては ArrayExpress accession codes をご覧ください。

Experiment: E-GEAD-n
Array design: A-GEAD-n

十分なメタデータとデータファイルが提供された登録に対してアクセッション番号が発行されます。

データ公開

関連する論文が公表されるまでデータを非公開にすることができます。四年後までの公開予定日を設定し、随時延長することができます。登録されたデータはデータ公開原則に従って公開されます。

FAQ: データ公開の依頼方法は？

Reviewer access

GEA データベースに非公開 experiment と array design が登録された後、登録者は査読者用のアクセストークンを発行することができます。トークンを発行してジャーナルの編集者と査読者に伝える手順については reviewer accesss ページをご覧ください。

更新

GEA に登録されたデータを更新・削除する場合は GEA チームに連絡してください。