シークエンスデータの登録

登録前のチェックリスト

Single-cell sequencing experiment

Single-cell submission guide を参照してください。spike-in やデータ解析に必要な追加ファイルを登録する場合は GEA チームに連絡してください。

More than one technology per experiment

GEA ではマイクロアレイとシークエンシングを一つの Submission でまとめて登録することはできないため、Submission を分ける必要があります。一つの Submission で複数のアレイデザインを含めることは可能です。このような場合は GEA チームに連絡してください。

シークエンスデータの登録

新規登録の作成

D-way にログインし、上部のメニューから GEA 登録ページに移動します。
“Sequencing” を選択した状態で [New submission] を押下して sequencing experiment submission を作成します。作成と同時にファイルサーバ (ftp-private.ddbj.nig.ac.jp) に対応する登録用ディレクトリが登録者のホーム下に作成されます。このディレクトリにデータファイルをアップロードします。

登録のステータスには以下のものがあります。”Data Validated” と “Validation Error” になった登録が査定されます。

登録のステータス一覧

解析済みファイルのアップロード

データファイルのアップロード方法はデータのアップロードをご覧ください。

Submission

四年以内の公開予定日を指定、もしくは、即日公開を選択します。登録者の名前と所属組織は公開されますが、メールアドレスは公開されません。

DRA

自身のアカウントで登録した DRA submission を一つ選択します。DRA が未登録の場合は DRA 登録サイトで DRA を登録します。他のアカウントで登録された DRA を参照したい場合は、外部参照を申請します。

BioProject

自身のアカウントで登録済みの BioProject を一つ選択します。BioProject が未登録の場合は BioProject 登録サイトでプロジェクトを登録します。
GEA と DRA submission が同じプロジェクトである場合は DRA submission で使用した BioProject を一つ選択します。 GEA と DRA submission が異なるプロジェクトである場合は DRA submission で使用した BioProject 以外の BioProject を一つ選択します。他のアカウントで登録された BioProject を参照したい場合は、外部参照を申請します。

IDF

IDF (Investigation Description Format) の内容を入力します。IDFの例

• Protocol: チェック済みのプロトコールは必須です。
• Publication: 関連する文献を PubMed ID もしくは DOI で指定します。未公表の文献については ID が発行された後にお知らせください。
• Data File Type: シークエンシング実験の場合は解析済みデータが必須です。サンプル毎の解析済みデータファイルの登録を強く推奨します。シークエンシング実験に登録可能なファイル形式。

SDRF

SDRF (Sample and Data Relationship Format) テンプレートファイルをダウンロードして必要な情報を追加します。SDRF の例

自動生成される内容

• 各 Name カラムと Source Name の Attribute カラム: 選択された BioSample の内容から自動生成されます。
• SDRF 行: 1行1 BioSample で行が自動生成されます。
• Protocol: IDF で作成されたプロトコールは SDRF の適切な個所にプロトコール ID (例 ESUB000350_Protocol_1) として挿入されます。
• Technology Type: シークエンス登録の場合は “sequencing assay” が自動入力されます。
• Extract と Assay Name の SRA Experiment と Run Comment: DRA Experiment と Run の内容から自動生成されます。

<Required: fill in the content> タグを上書きして必須項目を入力します。

追加入力が必要な項目

• Material Type: controlled term から適切な語句を一つ記入します。
  • total RNA
  • polyA RNA
  • cytoplasmic RNA
  • nuclear RNA
  • genomic DNA
  • protein
  • other
• Derived Array Data File と Comment[Derived Array Data File md5]: 解析済みデータファイルのファイル名と md5 チェックサム値 の組を記入します。
• データファイルと md5 チェックサム値の組は md5sum コマンドの結果を .md5 (例 ESUB000001.md5) ファイルとしてデータファイルと一緒に提供することもできます（SDRF と .md5 ファイルの両方がある場合は .md5 の値が優先されます）。
• Factor Value[enter experiment factor name here]: 実験で研究している「要因」。Growth condition、genotype、organism part 等の研究で解析している変数のことです。これらの変数の実際の値は “Factor Value[]” カラムに記載します。
  例:
• Factor Value[strain]
• AT76
• KU-2003
• KU-PI499262

内容を追加した SDRF を選択して [Continue] を押下します。

md5 チェックサム値

GEA では md5 チェックサム値をファイル破損検知に利用しています。
データファイルが多い場合やコマンドライン操作に慣れている場合、SDRF に値を記入するのではなく、md5sum コマンドの結果を .md5 (例 ESUB000001.md5) ファイルとしてデータファイルと一緒にアップロードして提供する方法が便利です。SDRFと .md5 ファイルの両方がある場合は .md5 の値が優先されます。

例 ESUB000001.md5 (チェックサム値とファイル名の間は半角スペース二個)

ed3d9b2adb5b29aa476b9d4164e208d5  raw1.txt
3d77463ca6f43416a6c1925b7704d304  raw2.txt
0e5be28700daa6d61ea3351921d6e578  processed1.txt
351fb1324feebe954405ca610e46ae44  processed2.txt
3d5749b63617da9002c7376deee8e0a3  array-design.txt

Overview と登録

最後の Overview タブで IDF と SDRF ファイルをダウンロードして内容をチェックします。修正が必要な場合はタブを戻ってメタデータを修正します。
[Submit] を押下して IDF と SDRF を登録します。

検証処理

メタデータ登録時に IDF と SDRF に記載されているデータファイルが対象の登録用ディレクトリにアップロードされていない場合、”Data file is not uploaded” というエラーメッセージが表示され登録が中断されます。
Validator は validation rule に従ってメタデータをチェックしエラーとワーニングメッセージを表示します。メタデータを登録するためにはエラーを解消する必要があります。

アクセッション番号

完成した GEA experiment に対してアクセッション番号が発行されます。 査読者用トークンを発行することでの非公開データへのアクセスを提供することができます。

更新

更新や削除はフォームから GEA チームに依頼してください。