Submission

登録の流れ

TogoVar-repository には二種類の登録種別、SNP と SV、があります。

• Short variants (SNP): ≤50 bp 以下のバリアント。NCBI dbSNP と交換されます。
• Large structural variants (SV): 50 bp よりも大きいバリアント。NCBI dbVar と交換されます。

BioProject と BioSample 登録は必須です。関連するデータが BioProject と BioSample によりデータベースを跨ってまとめられます。メタデータは登録用エクセルに記入して作成します。バリアントは VCF で登録します。SV variant call は登録用エクセル中のシートで登録することもできます。

1. 登録アカウントの作成

• D-way 登録用アカウントを取得します。マニュアル
• 公開鍵をアカウントに登録 し、データを sftp/scp でアップロードできるようにします。

2. 登録の申し込み

TogoVar-repository 登録申し込みフォームで登録を申し込みます。TogoVar-repository チームが登録方法を案内します。

3. BioProject の登録

プロジェクトを BioProject に登録します。プレフィックス PRJDB のアクセッション番号が BioProject に発行されます。

4. BioSample の登録

サンプルを BioSample に登録します。プレフィックス SAMD のアクセッション番号が BioSample に発行されます。

5. メタデータの作成

TogoVar-repository excel をダウンロードします。
エクセルは以下のシートから構成されます。

• TogoVar_Study: 研究概要
• TogoVar_SampleSet: サンプルセット（集団）
• TogoVar_Sample: 使用したサンプル
• TogoVar_Experiment: 実験手法の解析方法
• TogoVar_Dataset: データセット (1 dataset - 1 VCF)
• Variant Call (SV): variant call をシートで登録する場合
• Variant Region (SV): variant region をシートで登録する場合

6. データファイルの準備

バリアント (必須)、アリル頻度 (推奨) と遺伝型頻度 (任意) は VCF で登録します。以下の VCF 登録ガイドラインをご覧ください。

• dbSNP VCF Submission Format Guidelines
• dbVar VCF Submission Format Guidelines

7. ファイルのアップロード

登録用エクセルと VCF ファイルを scp/sftp でアップロードします。アップロード方法はデータのアップロードを参照してください。

アクセッション番号

TogoVar-repository はオブジェクトにプレフィックスで区別したアクセッション番号を発行します。 dbVar の Overview of Structural Variation もご参照ください。

• SNP/SV
  • study: dstd
• SNP
  • variant: dss
• SV
  • variant call: dssv
  • variant region: dsv

データ公開

論文で出るまでデータを非公開にすることができます。
登録者は登録日から三年以内の公開予定日を設定することができます。 非公開のデータは data release policy に従って公開されます。

更新

データを更新する場合、TogoVar-repository チームに連絡してください。