DDBJ Annotated/Assembled Sequences
validator エラーメッセージ
ここでは DDBJ に登録される配列データをチェックするためのツールから出力されるエラーメッセージについて概説しています。
エラーメッセージごとに必要な対処方法が異なりますので、適宜、対処をお願いいたします。
問題、不明点などがございましたら、エラーメッセージを添えて ご連絡 ください。
Parser
出力フォーマット
[コード番号]:[Level]:[Type]:[File]:[エラー位置]:[メッセージ本文]
コード番号 | コード番号を示します。 | |
---|---|---|
Level | エラーのレベルを示します。 | |
ER1 | 通常のファイル構文に関するエラーです。修正が必要です。 | |
ER2 | 通常のファイル構文に関するエラーです。修正が必要です。 | |
FAT | 実行環境に関するエラーです。 | |
WAR | 警告です。修正が必要な場合があります。 | |
MES | 他のエラーに関連する参考メッセージです。 | |
Type | エラーの種別を示します。 | |
STX | 構文 | |
SYS | 実行関連 | |
LOC | 配列とlocation の比較関連 | |
File | エラーが検出されたファイルを示します。 | |
ANN | アノテーション | |
SEQ | 配列 | |
AxS | アノテーションと配列の比較 | |
エラー位置 | エラーが検出された位置を行番号、または、エントリ名で示します。 | |
メッセージ本文 | エラーの個別内容を示します。 |
エラーメッセージ
メッセージ中で括弧( [ と ] )で括られている # で始まる語・数値は、実際のエラーメッセージでは、登録において使用されている値などに置換されます。
メッセージ中で、括弧( [ と ] )で括られている # で始まっていない語は予約語です。
transChecker
フォーマット
[コード番号]:[Level]:[メッセージ本文]
コード番号 | コード番号を示します。 | |
---|---|---|
Level | エラーのレベルを示します。 | |
ER2 | 通常のファイル構文に関するエラーです。修正が必要です。 | |
FAT | 実行環境に関するエラーです。 | |
WAR | 警告です。修正が必要な場合があります。 | |
メッセージ本文 | エラーの個別内容を示します。 |
例
>entry1.1 <1..>366
TC0020:WAR: [codon_start] qualifier should be selected. The value is automatically set 1.
TC0020:WAR: [transl_table] qualifier should be selected. The value is automatically set 1.
//
>entry2.3 4315..4997
TC0017:ER2: First codon [cct] is not a start codon.
TC0018:ER2: Final codon [cat] is not a stop codon.
TC0019:ER2: Stop codon is found in mid of CDS location.
//
エラーメッセージ
メッセージ中で括弧( [ と ] )で括られている # で始まる語・数値は、実際のエラーメッセージでは、登録において使用されている値などに置換されます。
メッセージ中で、括弧( [ と ] )で括られている # で始まっていない語は予約語です。
AGP Parser
フォーマット
[コード番号]:[Level]:[エラー位置]:[メッセージ本文] or [コード番号]:[Level]:[メッセージ本文]
コード番号 | コード番号を示します。 | |
---|---|---|
Level | エラーのレベルを示します。 | |
FAT | 実行環境に関するエラーです。 | |
ER1 | 通常のファイル構文に関するエラーです。修正が必要です。 | |
ER2 | 通常のファイル構文に関するエラーです。修正が必要です。 | |
WAR | 警告です。修正が必要な場合があります。 | |
エラー位置 | エラーが検出された位置を行番号、または、object 名で示します。 | |
メッセージ本文 | エラーの個別内容を示します。 |
エラーメッセージ
メッセージ中で括弧( [ と ] )で括られている # で始まる語・数値は、実際のエラーメッセージでは、登録において使用されている値などに置換されます。